mcscanX基因组内共线分析输出结果解读
mcscanX基因组能共线性分析结果解读
mcscanX可以分析基因组内的共线性，分析详情见：mcscanX安装与使用;会输出很多文件,这里给大家解释一下，方便从结果文件中找到想要的信息：
1.T.tandem 基因组内所有的串联重复基因对
2.T.collinearity 基因组内所有的共线性区块，每一个alignment就是一个共线性区块，且区块里面的基因一一对应；
3.T.html 输出html文件，每条染色体一个html文件如下，其中一个html用浏览器打开如下：
第一列是复制倍数深度
第二列：显示一条染色体上所有基因的排列顺序，如果背景为红色说明是串联重复基因
第三列往后：为对应的比对上的基因，也就是相似性很高的基因，往后列出；
更多可参考：官方说明文档
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- 发表于 2019-03-19 10:14
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- 分类：基因组学
