随着测序技术越来越成熟,转录组测序研究中,RNA制备已经逐渐成为限制我们科研僧发表SCI的绊脚石。
众所周知,mRNA占比少又易降解,万一降解了,又得千辛万苦的重新制备样品,真的是为此伤透了脑筋.
今天就跟大家分享下转录组测序中,常见样品采样的一些小知识,希望能帮到大家。
将常见样品分为五大类:植物、动物、血液、微生物和互作类型,接下来就按分类一一讲述
一、植物组织样本
首先我们要准备好液氮预冷的无酶管,并做好取样器械的消毒和去RNA酶处理,尽量选取新鲜幼嫩、生长旺盛部位的样本进行迅速采集,然后用RNase-free水对样品表面进行快速的清洗,吸干表面液体之后放入无酶管中液氮速冻(时间不要太短哦),待彻底冷冻后,转移至-80℃冰箱保存。
二、动物组织样本
若在实验室中取样,做好器械的消毒和去RNA酶处理的前期工作后,迅速对活体进行取样。取下的样品用RNase-free水迅速进行冲洗,吸干表面水分,放入预先放置在液氮中预冷的无酶管中,速冻一段时间,最后转入-80℃冰箱保存。
对于野外采样,无法携带液氮等情况时,可以使用RNA保护剂。用RNase-free水对样品表面进行快速清洗,然后迅速切割成规定的大小(约黄豆粒),将样品完全浸没在RNA保护剂中,可以置于4℃中过夜(使保护剂渗透进组织中),最后转移至-80℃冰箱保存。
另外很多老师用的是细胞样品,对于培养的细胞系,首先要确定细胞数量(建议5×106以上)。首先对收集好的细胞用1×PBS清洗几遍,贴壁培养的最好先用少量胰酶消化一下(切记不要消化过度),离心,弃PBS,加入适量的Trizol裂解液并反复吹打混匀,直至形成清亮透明的液体,转移至无酶管中,放-80℃冰箱保存。细胞量比较少的话,可以联系我们的技术同事,来针对性给出合理化建议以便RNA抽提。
三、血液样本
血液样品,我们要区分全血、血浆还是血清,不同的样本因为自身特性不同需要区别对待。
全血样品:记得一定要用抗凝采血管采集(不推荐肝素抗凝管,可用EDTA、柠檬酸钠抗凝剂的抗凝管),采血后轻轻倒转采血管混合4~5次,使抗凝剂与血液混匀。将采集好的全血快速转移至单独的冻存管或离心管,按照每250ul/管分装,加750ul(即三倍体积)的Trizol LS(家禽、鱼类等红细胞有核物种,按照 1:8 或 1:10 比例添加 Trizol LS/Trizol),混匀。液氮速冻后,放-80℃冰箱保存。每个环节尽可能的快速完成,避免RNA的降解。
血浆样品:要使用抗凝采血管采集,采集后颠倒混合,放于4℃静置分层或离心分离出血浆,分装,置于液氮速冻,放-80℃冰箱保存。
血清样品:使用不加抗凝剂的采血管采集全血,于4℃静置分层或离心分离出血清,分装,置于液氮速冻,放-80℃冰箱保存。
四、微生物样本
如果是液体培养的微生物,可取适量的菌液离心去上清,之后将沉淀收集起来放入液氮速冻一段时间,或加入Trizol进行裂解(革兰氏阳性菌需要先研磨),之后样品转移至-80℃冰箱保存。
如果是固体培养基上的真菌,取足量的菌丝体放入无酶管中进行液氮速冻,或加入适量的Trizol进行裂解,之后转移至-80℃冰箱保存。
五、互作转录组样本
尽量选取病灶部位进行取样,取样前确认取样的部分没有污染或者杂样。可通过qPCR,显微镜观察或者生理生化表型等方法确定侵入种的占比,选择合适的侵染时期进行研究。取样方法参考前文内容。
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