ANNOVAR支持三种不同形式的注释： gene-based，region-based 和filter-based。这三种注释分别针对于每一个variant的不同方面：
基于基因的注释（gene-based annotation）揭示variant与已知基因直接的关系以及对其产生的功能性影响。
基于区域的注释（region-based annotation）揭示variant 与不同基因组特定段的关系，例如：它是否落在已知的保守基因组区域。
基于过滤子的注释（ filter-based annotation）则给出这个variant的一系列信息，如： population frequency in different populations 和various types of variant-deleteriousness prediction scores，这些可被用来过滤掉一些公共的及 probably（大概，肯定的成分较大,，是most likely）nondeleterious variants。
一、基于基因的注释（gene-based annotation）
人类基因组上的基因注释来源有三个数据库，可任选其一进行注释，从而可以知道变异与基因的关系：
refGene NCBI RefSeq Gene
knownGene UCSC Known Gene
ensGene ENSEMBL Gene
二、基于区域的注释（region-based annotation）
‘cytoBand’ 是染色体坐标信息，染色体经过处理后染色，使染色体有深有浅或明或暗的区别带，更多参考：基因座。,文件每一行表示一条带，其5个字段分别是：染色体编号(chrom)、在染色体中的起始位置(chromStart)、终止位置(chromEnd)、名称(name)、染色标识(gieStain)
‘1000g2015aug’ for alternative allele frequency in the 1000 Genomes Project 。1000基因组项目（和ExAV 外显子集合联合一样，是公开、开放的数据库）里面供选择的等位基因频率信息。
‘exac03’for the variants reported in the Exome Aggregation Consortium（version 0.3）。是0.3版外显子集合联合中报道过的variants。
‘ljb26_all’ for various functional deleteriousness prediction scores from the dbNSFP database（version 2.6）。dbNSFP: A Lightweight Database of HumanNonsynonymousSNPs and TheirFunctionalPredictions on ResearchGate。
‘clinvar_20180603’ for the variants reported in the ClinVar database（version 20180603）。ClinVar是美国国家生物技术信息中心（NCBI）于2012年11月宣布、2013年4月正式启动的公共、免费数据库。作为核心数据库，ClinVar数据库整合了十多个不同类型数据库、通过标准的命名法来描述疾病，同时支持科研人员将数据下载到本地中，开展更为个性化的研究。
‘snp142’ for the dbSNP database（version 142）。注意：a、第一个命令中不包含 ‘--webfrom annovar’ 选项, 因此是从the UCSC Genome Browser annotation database下载文件的； b、 ‘--buildver hg19’ 选项是针对hg19这一版的基因组的；c、运行上面命令后，在 ‘humandb/’ 目录下会多几个以 ‘hg19’为前缀的文件。
