circos当中的颜色介绍
circos中颜色设置
1 circos支持RGB和HSV设置颜色：
red = 255,0,0 # RGB definition red = hsv(0,1,1) # HSV definition
2 circos当中还支持事先定义的颜色，
可以直接用一些字符来表示颜色，常见的：red, orange, yellow, green, blue, and purple等，可在这些颜色前面加上修饰，变换颜色的深浅：例如vvlred 表示：very very light version of red
vvl{name} - very very light version of color
vl{name} - very light
l{name} - light
{name} - default tone
d{name} - dark
vd{name} - very dark
vvd{name} - very very dark
另外，还支持梯度设置颜色，和上面提到的方法等价，例如把红颜色分成7等分，那么vvlred可以表示成reds-7-seq-1，具体代表的颜色如下图
vvlred = reds-7-seq-1 vlred = reds-7-seq-2 lred = reds-7-seq-3 red = reds-7-seq-4 dred = reds-7-seq-5 vdred = reds-7-seq-6 vvdred = reds-7-seq-7
3 支持Brewer palette色板中的颜色
色板颜色名称如下；
# diverging (-div-) (3-11 colors) brbg piyg prgn puor rdbu rdgy rdylbu rdylgn spectral # qualitative (-qual-) (3-8 colors, some up to 12 colors) accent (3-8 colors) dark2 (3-8 colors) paired (3-12 colors) pastel1 (3-9 colors) pastel2 (3-8 colors) set1 (3-9 colors) set2 (3-8 colors) set3 (3-12 colors)
使用方法例如取set1中的4个颜色，分别可以表示为：set1-4-qual-1，set1-4-qual-2，set1-4-qual-3，set1-4-qual-4；颜色代表的如下图
4 特殊颜色-染色体
chr1，chr2 chrx等的如下，一般应用与染色体（ideograms）文件的最后一列染色体颜色的设置，这个文件染色体的设置，好像不支持其他颜色，大家一定要注意；
更多circos颜色设置可参考官方说明：
http://circos.ca/documentation/tutorials/configuration/colors/lesson
更多生物信息课程：https://study.omicsclass.com/index
- 发表于 2019-05-14 17:06
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- 分类：软件工具
