再跑GATK的时候遇到这样一个问题：
运行命令：
/share/work/biosoft/java/jre1.8.0_73/bin/java -XX:ParallelGCThreads=5 -Xmx50g -Djava.io.tmpdir=SNP_Analysis/tmp -jar /share/work/biosoft/GATK/3.6/GenomeAnalysisTK.jar -T SplitNCigarReads -R Donkey_Hic_genome.20180408.fa -I 9.SNP_Analysis/donkey1.bam.dedupped.bam -o 9.SNP_Analysis/donkey1.bam.split.bam -rf ReassignOneMappingQuality -RMQF 255 -RMQT 60 -U ALLOW_N_CIGAR_READS --fix_misencoded_quality_scores
报错信息：
ERROR MESSAGE: Bad input:We encountered a non-standard non-IUPAC base in the provided reference: '10'，
检查了输入文件也没有发现问题在哪，一直没有找到原因。后来在网上查了一下了问题可能是参考基因组序列文件编码格式有问题。然后我试着改了一下：
在linux上用cat命令输出参考基因组序列文件，并重定向到新的文件。
cat Donkey_Hic_genome.20180408.fa > Donkey_Hic_genome.20180408.fa.bak
mv Donkey_Hic_genome.20180408.fa.bak Donkey_Hic_genome.20180408.fa
新的文件覆盖原文件后，用samtools重新建索引文件：
samtools faidx Donkey_Hic_genome.20180408.fa
最后重新运行一开始的命令，没有再出现报错，问题就这样解决了。
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