PBS 命令

PBS 命令

PBS 是公开源代码的作业管理系统,在此环境下运行,用户不需要指定程序在哪些节点上运行,程序所需的硬件资源由PBS 管理和分配。


PBS 命令

PBS 提供4 条命令用于作业管理。

(1) qsub 命令—用于提交作业脚本

      命令格式:

      qsub [-a date_time] [-c interval] [-C directive_prefix] [-e path] [-I] [-j join] 

               [-k keep] [-l resource_list] [-m mail_options] [-M user_list][-N name] 

               [-o path] [-p priority] [-q destination] [-r c]  [-S path_list] [-u user_list]

               [-v variable_list] [-V] [-W additional_attributes] [-z] [script]

       参数说明:因为所采用的选项一般放在pbs 脚本中提交,所以具体见PBS 脚本选项。

        例:# qsub aaa.pbs     #提交某作业,系统将产生一个作业号,aaa.pbs这个文件存               放你要操作或者执行的内容,脚本!

(2) qstat 命令—用于查询作业状态信息

        命令格式:qstat [-f][-a][-i] [-n][-s] [-R] [-Q][-q][-B][-u]

        参数说明:

                       -f jobid 列出指定作业的信息

                       -a 列出系统所有作业

                        -i 列出不在运行的作业

                        -n 列出分配给此作业的结点

                        -s 列出队列管理员与scheduler 所提供的建议

                        -R 列出磁盘预留信息

                        -Q 操作符是destination id,指明请求的是队列状态

                         -q 列出队列状态,并以alternative 形式显示

                         -au userid 列出指定用户的所有作业

                         -B 列出PBS Server 信息

                         -r 列出所有正在运行的作业

                         -Qf queue 列出指定队列的信息

                         -u 若操作符为作业号,则列出其状态。

        若操作符为destination id,则列出运行在其上的属于user_list 中用户的作业状态。

         例:# qstat -f 211    #查询作业号为211 的作业的具体信息。

(3) qdel 命令—用于删除已提交的作业

         命令格式:qdel [-W 间隔时间] 作业号

         命令行参数:

         例:# qdel -W 15 211     #15 秒后删除作业号为211 的作业

(4) qmgr 命令—用于队列管理

         qmgr -c "create queue batch queue_type=execution"

         qmgr -c "set queue batch started=true"

         qmgr -c "set queue batch enabled=true"

         qmgr -c "set queue batch resources_default.nodes=1"

         qmgr -c "set queue batch resources_default.walltime=3600"

         qmgr -c "set server default_queue=batch"




原文:http://blog.sina.com.cn/s/blog_c1bc607b0102wj9r.html

此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,有兴趣可以了解一下:

1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程

2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读转录组(无参)结果解读

3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析

4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘

5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读

6. 更多学习内容:linux、perl、R语言画图,更多免费课程请点击以下链接:

https://study.omicsclass.com/



  • 发表于 2019-05-24 13:40
  • 阅读 ( 3309 )
  • 分类:linux

0 条评论

请先 登录 后评论
安生水
安生水

351 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 702 文章
  2. 安生水 351 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. xun 82 文章
  6. rzx 78 文章
  7. 红橙子 78 文章
  8. CORNERSTONE 72 文章