顺式作用元件分布图绘制
上一期给大家介绍了顺式作用元件的基础知识以及顺式作用元件的预测，没关注到的可以点击链接查看：顺式作用元件分析（基础知识及预测）；今天一起了解下顺式作用元件分布图如何绘制！
上图展示的是每个基因上游promoter区（基因位于负链则为下游，长度一般是起始密码子前1500bp），顺式作用元件种类及分布情况，具体某个数据时可以选择自己感兴趣的基因、顺式作用元件进行展示。
今天给大家介绍一款非常简单实用的在线软件GSDS：访问地址：http://gsds.cbi.pku.edu.cn；GSDS全拼是：Gene Structure Display Server ，是一款很好用的基因结构绘图软件，今天只给大家介绍下如何用GSDS进行顺式作用元件绘图：
数据准备：
用GSDS绘制顺式作用元件分布图需提交2个数据，一是基因骨架信息；二是顺势作用元件位置及名称信息，两文件格式是bed格式或者Excel表均可，如下图：
1. 基因骨架信息BED文件：
如官方示例所示，提交的基因骨架信息BED文件由五列构成，前四列是必填项，第五列选填；第一列是基因ID，第二三列是提取的promoter区起止碱基，本示例数据取起始密码子前1500bp序列进行的顺势作用元件预测，所以表内第二列写0，第三列写1500，第5列序列类型选择CDS，本示例数据共选择了72个感兴趣基因进行作图，具体格式如下图（部分展示）：
2. 顺式作用元件位置及名称信息BED文件：
顺式作用元件位置及名称信息文件格式如下：共4列组成，第一列是基因ID，是对应基因骨架BED文件中72个基因ID；第二、三列是每个顺式作用元件起止位置，第四列是相应顺式作用元件名称，不感兴趣的顺式作用元件可在生成图片后进行选择性展示：（部分展示）
3. 绘图及美化
以上两个数据准备好后，即可上传，后点击Submit开始作图，约1-2分钟即可生成下图：（部分展示）
不过，目前看来这个图还是比较丑的，不过没关系，我们可以通过下方调整区控件进行图片美化：
最终在小编小编的努力下图片稍微漂亮点：
好了，顺式作用元件分布图初步完成了，后期所做的调整修改这里就不过多介绍了，大家自行参悟吧！生成图片后GSDS网站提供SVG、PNG、PDF格式保存，同时网站还提供在线的片煸编辑工具，不过试了下不是太好用，(可能是小编电脑或网速问题)，小编还是喜欢用AI软件编辑像PDF等图片，AI软件你知道是什么吗？用过吗？下一期，小编带您一起AI编辑！
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- 发表于 2019-06-01 14:16
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- 分类：科研作图
