如何快速获取多条序列长度信息

如何快速知道你的多个序列的长度呢?这里还是分享一个虚拟机的bio-linux的工具,samtools。命令行格式:samtools faidx   xulie.fa(你的序列文件)结果会生成一个 xulie.fa.fai文件,也是就是在...

如何快速知道你的多个序列的长度呢?这里还是分享一个虚拟机的bio-linux的工具,samtools。命令行格式:samtools faidx   xulie.fa(你的序列文件)结果会生成一个 xulie.fa.fai文件,也是就是在你的序列文件名后面多了一个fai,文件合适如下:

211000022280750 9865 142631474 60 61
211000022280526 9368 142641578 60 61
211000022279869 9341 142651177 60 61
211000022278215 8346 142660748 60 61
211000022279695 8007 142669308 60 61
211000022279735 7722 142677523 60 61
211000022280490 7314 142685448 60 61
211000022280465 7123 142692958 60 61
211000022280734 7003 142700274 60 61
211000022278032 6936 142707468 60 61
211000022280476 6900 142714594 60 61
211000022280735 6860 142721683 60 61
211000022279018 6860 142728732 60 61
211000022280699 6825 142735781 60 61

有五列,第一列是序列名称,第二列是序列长度,后三列是构建索引的信息一般你是不需要的。

  • 发表于 2018-05-11 11:31
  • 阅读 ( 3575 )
  • 分类:软件工具

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landy
landy

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