NCBI-SRA数据下载的3种方法
从事生物信息分析的老师和同学一般都会接触SRA数据，下载SRA数据的方法也有很多，这里来简单总结一下。
方法一：SRA Tookit下载
SRA Tookit 是NCBI 提供的下载软件，我们需要下载安装，下载地址：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software 。
选择需要的SRA Tookit 版本进行下载，下载后直接解压到某个指定位置即可。然后搜索SRA数据，例如，我们要下载SRP108428（阅读文献可以找到公开数据的project号）下的所有数据，打开NCBI网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP108428（此处为project号），点击"Accession List"键，下载得到SRR List 储存在sra.txt文件中。
得到sra.txt文件如下：
使用SRA Tookit 的prefetch进行下载，prefetch放在sratoolkit文件夹下的bin目录。
sratoolkit-centos_linux64/bin/prefetch --option-file sra.txt
方法二：迅雷下载
迅雷下载的方法我们之前介绍过，此方法可参考 更快更稳地下载NCBI里的测序数据 ，这里我就不赘述了。
方法三：wget下载
前两种方法都能够比较快速稳定的下载SRA数据，小编通常用的也是第二种方法，但是偶尔也会遇到一些特殊的数据是下载不了的。这时候就需要这第三种方法了。首先在NCBI首页的SRA数据库检索关键字：
选中符合要求的数据，然后点击send to，
这样就会得到SraRunInfo.csv文件，文件内容是各个samp sequence的列表信息，包括FTP上的下载地址：
然后我们在Linux中使用wget进行下载即可。好了今天先介绍到这里，你也动手去试试吧！
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- 发表于 2019-08-08 14:48
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- 分类：软件工具
