小麦MADS-box基因家族文章 new phytologist（7分）

小编一直在强调，基因家族分析是一个研究思路，同时也可以成一篇文章！不过大部分基因家族套路式文章影响因子在2-3分左右，3分以上需要添加实验等内容；不过，现在有一篇小麦MADS-box家族文章...

小编一直在强调，基因家族分析是一个研究思路，同时也可以成一篇文章！不过大部分基因家族套路式文章影响因子在2-3分左右，3分以上需要添加实验等内容；不过，现在有一篇小麦MADS-box家族文章却发表在new phytologist（7分）上，着实让广大家族基因研究者愤懑不平好半天！我的家族分析发2分，他的发7分！就凭他是老外啊？真TM的！那么，这篇论文有什么不一样的地方呢？下面我们一起看看文章详细内容吧！

MADS-box基因家族介绍

MADS-box基因家族基因是一类广泛存在于植物中一种转录因子，高等植物中MADS基因由4个保守程度不一的区域组成, 分别是MADS区、I(intervening)区、K (keratin-like)区和C末端（M-I-K-C domain structure）。根据系统进化可以把MADS-box分为两类: I型和II型。大多数植物MADS基因, 包括所有功能特异的真核生物MADS基因和动物MEF2-like序列命名为II型；一些与动物SRF-like基因更相似的拟南芥MADS基因序列被命名为I型；K结构域只存在于II型植物MADS基因中。植物界中I型和II型基因的区别主要是MADS结构域不同，I型MADS结构域主要是MADS SRT型, II型MADS结构域主要是MADSMEF2型, II型的MADS域比I型的MADS域更保守。

小麦中MADS-box基因家族鉴定及进化树分析

MADS-box通常有两个保守的结构域：MADS和K结构域所对应的pfam数据库中的号分别为：PF00319 and PF01486，作者利用pfam号在小麦基因组中查找MADS-box家族基因，一共鉴定出201个 M-I-K-C 家族成员。家族成员根据进化树分成15个亚类，同时也添加了水稻和拟南芥当中的MADS-box家族基因（下图黑色基因）。

麦MADS-box比较基因组分析基因组分布

MADS-box基因家族成员在拟南芥和水稻中的成员数量分别是43和45个，拟南芥和水稻的基因组大小相差很大但是家族成员数量相差不大，说明MADS-box家族成员数量还是很保守的。而在小麦中却有201个，在开花类植物中是最多的。作者推测，小麦基因组中有这么多个MADS-box基因可能是由于普通小麦为6倍体（三套染色体体组）基因组的原因，导致家族成员之间在不同的染色体组之间有同源基因，所以理论上应该是水稻和拟南芥基因组MADS-box基因家族成员的3倍，因此作者做了小麦中15个亚类家族成员与拟南芥和水稻中的家族成员的分类比值（a-d），发现有些类型基因就是3:1的关系。进而分析小麦中MADS-box家族是如何加倍复制形成的。

小麦中不同染色体组中的家族成员的同源分析

作者通过比较分析小麦不同染色体组（ABD）中家族成员之间的同源性发现，大多数的家族成员在三个染色体组中具有同源基因（1:1:1 ）。也有些家族成员在某个染色体组中缺失，或者是孤儿基因。

麦中MADS-box基因的染色体分布

将小麦MADS-box基因在染色体的分布区域进行统计，也就是将所有的染色体远端（R1，R3）和近端（R2B，C），大部分的家族成员分布在远端区域（65%）。

小麦中MADS-box基因表达模式

家族成员在不同小麦不同组织中的表达（a）。

总结：

这篇文章也是一篇分析基因家族的文章，为啥能发到7分的期刊？这里给大家总结一下：

物种特殊：普通小麦ABD三个染色体组，可以分析不同染色体组基因家族成员之间的同源关系。（其他多倍体物种可以借鉴）
作者通过比较基因组分析小麦基因组内MADS-box家族成员在不同染色体组的同源性。
比较基因组分析家族成员如何扩张，加倍与形成。