使用R语言安装包编译时gcc标准报错——“error: for loop initial declarations are only allowed in C99 mode”
使用BiocManager安装R包时gcc标准报错
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- 每天学习一点点
- 发布于 2024-01-26 10:52
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每天学习一点点
基于 gff 文件构建 TxDb 包
TxDb 包是用 GenomicFeatures 包构建的，用于专门注释基因组中转录本、外显子、内含子等的包。 如果是构建从 Ensembl 下载的参考基因组的 TxDb （transcript database）包，有两种构建方式，一...
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- 安生水
- 发布于 2024-05-15 16:45
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安生水
对水稻做GO和KEGG富集分析，如何获取水稻的数据库？
我们在使用clusterProfiler做GO富集分析的时候，需要在Bioconductor上下载目标物种的注释包
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- 每天学习一点点
- 发布于 2024-07-05 14:39
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R 安装包：configure: error: proj_api.h not found in standard or given locations.
R 安装包：configure: error: proj_api.h not found in standard or given locations.
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- omicsgene
- 发布于 2024-04-16 15:38
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omicsgene
使用peer根据表达量数据推断隐藏因子
在做eQTL分析时需要提供隐藏因子作为分析的部分协变量，分析中隐藏因子的引入主要是用来排除影响表达量数据的一些混淆因素，例如样本的采样环境、样本批次、其他位置因素等，这些因素视作分析中的无关因素(即一些无法测量的，但是会影响基因表达的因素)，需要进行预先处理。
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- 每天学习一点点
- 发布于 2024-06-19 15:39
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R语言跑循环，如何跳过报错信息？
当使用循环跑R函数的时候，如果其中某一次循环执行时报错，那么就会中断循环体，并在屏幕上打印出报错信息
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- 每天学习一点点
- 发布于 2024-07-12 17:50
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eQTplot包绘图报错解决：“Caused by error in `db_collect()`”
解决dbplyr和BiocFileCache不兼容导致eQTplot包绘图时报错的问题
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- 每天学习一点点
- 发布于 2024-06-30 09:52
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eQTpLot包的安装
eQTpLot 是一个直观且用户友好的 R 包，专为可视化 eQTL 和 GWAS 结果的共定位而开发。eQTpLot 将标准 GWAS 和 eQTL 统计结果以及可选的成对 LD 信息作为输入，以生成一系列图表，可视化给定基因-性状对的 eQTL 和 GWAS 信号之间的共定位、相关性和富集。
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- 每天学习一点点
- 发布于 2024-06-26 16:06
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group_by()和any()连用判断每个分组中的元素是否满足特定条件
如果我们想要判断每个分组中是否存在元素>0,可以使用group_by()先对数据进行分组，然后使用filter函数结合any函数来判断每个分组是否满足特定条件并进行过滤。
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- 每天学习一点点
- 发布于 2024-08-07 10:46
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libgomp.so.1: version `GOMP_4.5' not found 报错
libgomp.so.1: version `GOMP_4.5' not found 报错
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- 安生水
- 发布于 2024-08-22 15:05
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