安生水
Illumina microarray未标准化数据分布
不同于affy包对affymetrix芯片数据分布绘图，Illumina microarray数据分布是基于lumi包： boxplot-method density-method affy包也可以利用boxplot，不过密度图确实利用hist,此处就展示一...
- 0
- 0
- Daitoue
- 发布于 2018-12-07 17:23
- 阅读 ( 3907 )
Daitoue
affymetrix芯片未标准化数据分布
获取芯片原始数据得到为标准化的数据，需要查看原数据的分布情况，可以通过多种方法获得分布图片。 以affy包ReadyAffy()读取CEL结果：AffyBatch对象为例（GSE66196） 1、箱线图：基于boxplo...
- 1
- 0
- Daitoue
- 发布于 2018-12-07 14:46
- 阅读 ( 3578 )
芯片原始数据标准化的几个包的安装
芯片原始数据下载后进行质控标准化除了基于相关的软件外，也可以利用bioconductor的几个包，不过需要注意介于R版本的问题，包的安装基于install.packages可能安装不成功。
- 0
- 0
- Daitoue
- 发布于 2018-12-07 10:38
- 阅读 ( 6609 )
分组柱状图添加误差线（位置）--ggplot2
分组柱状图的绘制可以基于ggplot2，具体可以参考: 分组柱状图--ggplot2 。 如何针对分组柱状图添加误差线并合理调整位置呢？主要基于geom_errorbar及其参数position进行细节调整。 譬如基于上...
- 1
- 1
- Daitoue
- 发布于 2018-12-04 11:16
- 阅读 ( 16364 )
R语言sort()与order()
基于sort()或者order对向量元素排序：返回排序后的向量，后者返回原排序后的索引 例如基于向量A操作（A也可以是数值型)： > A=c("A","B","D","C","H","J","E") 1、sort sort(x, decrea...
- 0
- 0
- Daitoue
- 发布于 2018-11-23 15:43
- 阅读 ( 4336 )
R语言scale()标准化
R语言中scale函数，可以对数据进行处理，标准化（归一化）在一定的范围，比较适合大范围变化数据归一化处理从而观察数据变化趋势 scale()函数 scale(x, center = TRUE, scale = TRUE) x一般...
- 0
- 1
- Daitoue
- 发布于 2018-11-23 14:52
- 阅读 ( 11500 )
R语言获取两个数组向量交集与并集
在R语言中如何获取两个向量之间的交集与并集？ 交集可以用intersect 并集可以用union 譬如针对A,B两个向量： > A=LETTERS[1:10]> B=LETTERS[5:15]##交集 > intersect(A,B)[1] "E" ...
- 0
- 0
- Daitoue
- 发布于 2018-11-16 17:14
- 阅读 ( 11104 )
microRNA
VennDiagram各区域信息提取
VennDiagram是进行Venn图绘制的 R包，最多能够绘制五组数据，其中一个主要的绘图函数为venn.diagram() 针对该参数相关的参数调整，可以直接对Venn图的颜色字体等多主题进行修改。而其绘图数据...
- 0
- 0
- Daitoue
- 发布于 2018-11-09 15:37
- 阅读 ( 7482 )
Vennerable包venn返回结果绘图
Vennerable包绘图过程 是由Venn函数 对各组数据构成的列表 进行处理返回一个Venn 对象，该对象是s4 譬如： library(Vennerable)data(StemCell)w <- Venn(Sets=StemCell[1:2])plot(w, typ...
- 0
- 0
- Daitoue
- 发布于 2018-11-02 15:16
- 阅读 ( 4332 )
rgb函数选择颜色（并控制深浅）
R语言绘图过程中，常会使用颜色值，有时无法直接控制图片颜色的透明度，可以基于rgb()获取颜色，控制颜色深浅。 例如显示一下 红色： barplot(1,1,col="red") 当col="red" 或者col="#FF000...
- 0
- 0
- Daitoue
- 发布于 2018-11-02 14:48
- 阅读 ( 9212 )
Vennerable绘图组别名称（标签）位置调整
利用Vennerable可以进行绘图，以包自带的数据绘图如下： library(Vennerable)data(StemCell)w <- Venn(Sets=StemCell[1:2])plot(w, type="squares") 组别标签位置进行调整 可以基于Venn...
- 0
- 0
- Daitoue
- 发布于 2018-11-02 13:35
- 阅读 ( 3767 )
解决R中devtools安装github软件包遇到“SSL connect error”的问题
解决R中devtools安装github软件包遇到“SSL connect error”的问题
- 0
- 0
- microRNA
- 发布于 2018-11-01 17:26
- 阅读 ( 3724 )
pheatmap绘制聚类热图
R语言里面能够绘制热图的方法非常多，除了基本函数外还涉及了多种R包，其中一个包是pheatmap。 pheatmap意为pretty heatmaps，是一个非常有效且能快速绘制出聚类热图的R包，其绘图函数pheatmap...
- 2
- 0
- Daitoue
- 发布于 2018-10-30 11:24
- 阅读 ( 24091 )
Vennerable包的安装
Vennerable包并没有在CRAN，所以他的安装需要提供相应的链接，其安装方法可以在：http://r-forge.r-project.org/projects/vennerable 找到，或者 https://github.com/js229/Vennerable 后者...
- 0
- 0
- Daitoue
- 发布于 2018-10-26 16:18
- 阅读 ( 6502 )
