VennDiagram各区域信息提取
VennDiagram是进行Venn图绘制的 R包，最多能够绘制五组数据，其中一个主要的绘图函数为venn.diagram() 针对该参数相关的参数调整，可以直接对Venn图的颜色字体等多主题进行修改。而其绘图数据...
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- Daitoue
- 发布于 2018-11-09 15:37
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Daitoue
Vennerable包venn返回结果绘图
Vennerable包绘图过程 是由Venn函数 对各组数据构成的列表 进行处理返回一个Venn 对象，该对象是s4 譬如： library(Vennerable)data(StemCell)w <- Venn(Sets=StemCell[1:2])plot(w, typ...
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- Daitoue
- 发布于 2018-11-02 15:16
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rgb函数选择颜色（并控制深浅）
R语言绘图过程中，常会使用颜色值，有时无法直接控制图片颜色的透明度，可以基于rgb()获取颜色，控制颜色深浅。 例如显示一下 红色： barplot(1,1,col="red") 当col="red" 或者col="#FF000...
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- Daitoue
- 发布于 2018-11-02 14:48
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Vennerable绘图组别名称（标签）位置调整
利用Vennerable可以进行绘图，以包自带的数据绘图如下： library(Vennerable)data(StemCell)w <- Venn(Sets=StemCell[1:2])plot(w, type="squares") 组别标签位置进行调整 可以基于Venn...
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- Daitoue
- 发布于 2018-11-02 13:35
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解决R中devtools安装github软件包遇到“SSL connect error”的问题
解决R中devtools安装github软件包遇到“SSL connect error”的问题
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- microRNA
- 发布于 2018-11-01 17:26
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microRNA
pheatmap绘制聚类热图
R语言里面能够绘制热图的方法非常多，除了基本函数外还涉及了多种R包，其中一个包是pheatmap。 pheatmap意为pretty heatmaps，是一个非常有效且能快速绘制出聚类热图的R包，其绘图函数pheatmap...
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- Daitoue
- 发布于 2018-10-30 11:24
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Vennerable包的安装
Vennerable包并没有在CRAN，所以他的安装需要提供相应的链接，其安装方法可以在：http://r-forge.r-project.org/projects/vennerable 找到，或者 https://github.com/js229/Vennerable 后者...
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- Daitoue
- 发布于 2018-10-26 16:18
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对R包的操作（查询、版本、更新等）
R中对包进行操作的命令很多，涉及从包的安装、查询、更新、卸载等等。这里介绍几个常见的操作
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- Daitoue
- 发布于 2018-10-24 16:01
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plot单独画出pheatmap返回的聚类结果（聚类树）
前面两篇文章介绍到pheatmap返回行和列的hclust结果： pheatmap返回的结果解释（获得新的排序信息） http://www.omicsclass.com/article/507 cutree对pheatmap返回结果实现聚类cluster划分 ...
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- Daitoue
- 发布于 2018-10-19 15:44
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cutree对pheatmap返回结果实现聚类cluster划分
此前给大家介绍过pheatmap聚类后的矩阵数据重排：http://www.omicsclass.com/article/507 其中给大家介绍到了pheatmap返回结果是一个列表，其中包括行列聚类的返回结果，而这一结果又是基于hcl...
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- Daitoue
- 发布于 2018-10-19 14:53
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pheatmap返回的结果解释（获得新的排序信息）
pheatmap是一个热图绘制的R包，全称pretty heatmap。利用的绘图函数是pheatmap()，对应的数据则是一个数值矩阵，譬如基于如下的矩阵10X6： > mat CK-WT-1 CK-WT-2 ...
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- Daitoue
- 发布于 2018-10-19 14:23
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ggplot2点图geom_point中aes(shape)映射
此前在相关文章中详细介绍了关于geom_point 在设定shape时可以进行多少设置，每种出现的结果： http://www.omicsclass.com/article/475 区别与点shape设定，点的shape 映射必须转化成因子，连...
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- Daitoue
- 发布于 2018-10-12 15:07
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ggplot2点图geom_point中点的shape有多少？
ggplot2可以利用geom_point绘制散点图，而点的形状控制参数shape会显示多少效果呢？(注意此处只介绍shape的设定，不是aes(shape)映射） 可以通过查询?shape 获得以下内容： # Shape exampl...
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- Daitoue
- 发布于 2018-09-30 16:59
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ggplot2控制坐标轴截距交点位置（原点）
ggplot2绘图结果往往X轴和Y轴的交点往往不是原点：譬如下图y轴就不是起始于0 调整坐标起始位点可以利用scale_y_continuous(expand = c(0, 0))或者scale_x_continuous(expand = c(0, 0)) expa...
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- Daitoue
- 发布于 2018-09-21 17:05
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ggplot2控制百分比坐标
在利用ggplot2绘图过程中常会要求Y轴显示为百分比类型，需要借助包scales 和ggplot2中的函数scale_y_continuous（labels）来控制 譬如绘制相关百分比或者密度频率等类型的图片时可以将对应的...
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- Daitoue
- 发布于 2018-09-21 15:58
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ggplot2-气泡图（控制点的大小范围）
Pathway富集结果常用气泡图来显示，其基本代码如下： 案例数据： > dat ko_id Kegg_pathway Rich_factor Pvalue DEGs1 ko00195 ...
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- Daitoue
- 发布于 2018-09-21 15:04
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直方图---ggplot2（每组内添加对应的count 或者density文本标签）
利用ggplot2绘制直方图，基于几何对象geom_histogram()函数 geom_histogram(mapping = NULL, data = NULL, stat = "bin", position = "stack", ..., binwidth = NULL, bins = NULL, na.rm =...
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- Daitoue
- 发布于 2018-09-14 00:08
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ggplot2图例位置legend.position调整
ggplot2绘图过程种，控制图例在图中的位置利用theme(legend.position）参数 该参数对应的设置如下： legend.positionthe position of legends ("none", "left", "right", "bottom", "top", or...
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- Daitoue
- 发布于 2018-09-13 18:19
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