colorRamPalette函数生成调色板

colorRamPalette 为grDevices包函数，可用于生成渐变调色板

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• 发布于 2019-01-04 15:15
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rainbow函数取色

rainbow函数取色

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• 发布于 2019-01-03 17:43
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R语言中读入数据时指定每一列数据类型

R语言中读入数据时指定每一列数据类型

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• 安生水
• 发布于 2018-12-29 09:59
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芯片差异分析分组矩阵

芯片数据差异分析分组信息构建分组矩阵

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• 发布于 2018-12-21 16:43
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批次效应移除算法

识别和清除批次效应对芯片数据的影响相关算法

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• Daitoue
• 发布于 2018-12-21 14:44
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exprs.MA函数提取MAList芯片红绿强度（表达量）

双通道芯片分析exprs.MA将MAList转换成红绿荧光强度值

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• 发布于 2018-12-21 13:47
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双通道芯片MA和density

limma包可以对芯片数据进行处理绘图

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• 发布于 2018-12-14 16:50
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Illumina microarray未标准化数据分布

不同于affy包对affymetrix芯片数据分布绘图，Illumina microarray数据分布是基于lumi包： boxplot-method density-method affy包也可以利用boxplot，不过密度图确实利用hist,此处就展示一...

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• Daitoue
• 发布于 2018-12-07 17:23
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芯片RNA降解情况

芯片RNA降解图 RNA的降解是影响芯片数据质量的一个很重要因素，一般，RNA从5端开始降解，所以理论上探针5端的荧光强度应该低于3端。 RNA降解曲线的斜率表示了这种变化趋势，斜率越小，说明降...

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• 发布于 2018-12-07 16:38
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affymetrix芯片未标准化数据分布

获取芯片原始数据得到为标准化的数据，需要查看原数据的分布情况，可以通过多种方法获得分布图片。 以affy包ReadyAffy()读取CEL结果：AffyBatch对象为例（GSE66196） 1、箱线图：基于boxplo...

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• Daitoue
• 发布于 2018-12-07 14:46
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芯片原始数据标准化的几个包的安装

芯片原始数据下载后进行质控标准化除了基于相关的软件外，也可以利用bioconductor的几个包，不过需要注意介于R版本的问题，包的安装基于install.packages可能安装不成功。

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• 发布于 2018-12-07 10:38
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R语言sort()与order()

基于sort()或者order对向量元素排序：返回排序后的向量，后者返回原排序后的索引 例如基于向量A操作（A也可以是数值型)： > A=c("A","B","D","C","H","J","E") 1、sort sort(x, decrea...

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• Daitoue
• 发布于 2018-11-23 15:43
• 阅读 ( 4118 )

R语言获取两个数组向量交集与并集

在R语言中如何获取两个向量之间的交集与并集？ 交集可以用intersect 并集可以用union 譬如针对A,B两个向量： > A=LETTERS[1:10]> B=LETTERS[5:15]##交集 > intersect(A,B)[1] "E" ...

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• Daitoue
• 发布于 2018-11-16 17:14
• 阅读 ( 10738 )

R的几个内置常量

R里面有几个内置常量，方便我们直接调用而非创建： 1、26个字母LETTERS, 小写字母怎么办？ 有letters > LETTERS [1] "A" "B" "C" "D" "E" "F" "G" "H" "I" "J" "K" "L" "M" "N" "O" "P" "Q...

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• 发布于 2018-11-09 17:07
• 阅读 ( 2469 )

VennDiagram各区域信息提取

VennDiagram是进行Venn图绘制的 R包，最多能够绘制五组数据，其中一个主要的绘图函数为venn.diagram() 针对该参数相关的参数调整，可以直接对Venn图的颜色字体等多主题进行修改。而其绘图数据...

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• 发布于 2018-11-09 15:37
• 阅读 ( 7229 )

Vennerable包venn返回结果绘图

Vennerable包绘图过程  是由Venn函数 对各组数据构成的列表 进行处理返回一个Venn 对象，该对象是s4 譬如：  library(Vennerable)data(StemCell)w <- Venn(Sets=StemCell[1:2])plot(w, typ...

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• Daitoue
• 发布于 2018-11-02 15:16
• 阅读 ( 4064 )

rgb函数选择颜色（并控制深浅）

R语言绘图过程中，常会使用颜色值，有时无法直接控制图片颜色的透明度，可以基于rgb()获取颜色，控制颜色深浅。 例如显示一下 红色： barplot(1,1,col="red")  当col="red"  或者col="#FF000...

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• Daitoue
• 发布于 2018-11-02 14:48
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Vennerable绘图组别名称（标签）位置调整

利用Vennerable可以进行绘图，以包自带的数据绘图如下： library(Vennerable)data(StemCell)w <- Venn(Sets=StemCell[1:2])plot(w, type="squares") 组别标签位置进行调整  可以基于Venn...

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• Daitoue
• 发布于 2018-11-02 13:35
• 阅读 ( 3541 )

解决R中devtools安装github软件包遇到“SSL connect error”的问题

解决R中devtools安装github软件包遇到“SSL connect error”的问题

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• microRNA
• 发布于 2018-11-01 17:26
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pheatmap绘制聚类热图

R语言里面能够绘制热图的方法非常多，除了基本函数外还涉及了多种R包，其中一个包是pheatmap。 pheatmap意为pretty heatmaps，是一个非常有效且能快速绘制出聚类热图的R包，其绘图函数pheatmap...

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• Daitoue
• 发布于 2018-10-30 11:24
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