Illumina microarray未标准化数据分布
不同于affy包对affymetrix芯片数据分布绘图，Illumina microarray数据分布是基于lumi包： boxplot-method density-method affy包也可以利用boxplot，不过密度图确实利用hist,此处就展示一...
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- Daitoue
- 发布于 2018-12-07 17:23
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Daitoue
affymetrix芯片未标准化数据分布
获取芯片原始数据得到为标准化的数据，需要查看原数据的分布情况，可以通过多种方法获得分布图片。 以affy包ReadyAffy()读取CEL结果：AffyBatch对象为例（GSE66196） 1、箱线图：基于boxplo...
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- Daitoue
- 发布于 2018-12-07 14:46
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芯片原始数据标准化的几个包的安装
芯片原始数据下载后进行质控标准化除了基于相关的软件外，也可以利用bioconductor的几个包，不过需要注意介于R版本的问题，包的安装基于install.packages可能安装不成功。
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- Daitoue
- 发布于 2018-12-07 10:38
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R语言sort()与order()
基于sort()或者order对向量元素排序：返回排序后的向量，后者返回原排序后的索引 例如基于向量A操作（A也可以是数值型)： > A=c("A","B","D","C","H","J","E") 1、sort sort(x, decrea...
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- Daitoue
- 发布于 2018-11-23 15:43
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R语言获取两个数组向量交集与并集
在R语言中如何获取两个向量之间的交集与并集？ 交集可以用intersect 并集可以用union 譬如针对A,B两个向量： > A=LETTERS[1:10]> B=LETTERS[5:15]##交集 > intersect(A,B)[1] "E" ...
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- Daitoue
- 发布于 2018-11-16 17:14
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VennDiagram各区域信息提取
VennDiagram是进行Venn图绘制的 R包，最多能够绘制五组数据，其中一个主要的绘图函数为venn.diagram() 针对该参数相关的参数调整，可以直接对Venn图的颜色字体等多主题进行修改。而其绘图数据...
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- Daitoue
- 发布于 2018-11-09 15:37
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Vennerable包venn返回结果绘图
Vennerable包绘图过程 是由Venn函数 对各组数据构成的列表 进行处理返回一个Venn 对象，该对象是s4 譬如： library(Vennerable)data(StemCell)w <- Venn(Sets=StemCell[1:2])plot(w, typ...
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- Daitoue
- 发布于 2018-11-02 15:16
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rgb函数选择颜色（并控制深浅）
R语言绘图过程中，常会使用颜色值，有时无法直接控制图片颜色的透明度，可以基于rgb()获取颜色，控制颜色深浅。 例如显示一下 红色： barplot(1,1,col="red") 当col="red" 或者col="#FF000...
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- Daitoue
- 发布于 2018-11-02 14:48
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Vennerable绘图组别名称（标签）位置调整
利用Vennerable可以进行绘图，以包自带的数据绘图如下： library(Vennerable)data(StemCell)w <- Venn(Sets=StemCell[1:2])plot(w, type="squares") 组别标签位置进行调整 可以基于Venn...
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- Daitoue
- 发布于 2018-11-02 13:35
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解决R中devtools安装github软件包遇到“SSL connect error”的问题
解决R中devtools安装github软件包遇到“SSL connect error”的问题
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- microRNA
- 发布于 2018-11-01 17:26
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microRNA
pheatmap绘制聚类热图
R语言里面能够绘制热图的方法非常多，除了基本函数外还涉及了多种R包，其中一个包是pheatmap。 pheatmap意为pretty heatmaps，是一个非常有效且能快速绘制出聚类热图的R包，其绘图函数pheatmap...
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- Daitoue
- 发布于 2018-10-30 11:24
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Vennerable包的安装
Vennerable包并没有在CRAN，所以他的安装需要提供相应的链接，其安装方法可以在：http://r-forge.r-project.org/projects/vennerable 找到，或者 https://github.com/js229/Vennerable 后者...
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- Daitoue
- 发布于 2018-10-26 16:18
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plot单独画出pheatmap返回的聚类结果（聚类树）
前面两篇文章介绍到pheatmap返回行和列的hclust结果： pheatmap返回的结果解释（获得新的排序信息） http://www.omicsclass.com/article/507 cutree对pheatmap返回结果实现聚类cluster划分 ...
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- Daitoue
- 发布于 2018-10-19 15:44
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ggplot2点图geom_point中aes(shape)映射
此前在相关文章中详细介绍了关于geom_point 在设定shape时可以进行多少设置，每种出现的结果： http://www.omicsclass.com/article/475 区别与点shape设定，点的shape 映射必须转化成因子，连...
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- Daitoue
- 发布于 2018-10-12 15:07
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ggplot2控制坐标轴截距交点位置（原点）
ggplot2绘图结果往往X轴和Y轴的交点往往不是原点：譬如下图y轴就不是起始于0 调整坐标起始位点可以利用scale_y_continuous(expand = c(0, 0))或者scale_x_continuous(expand = c(0, 0)) expa...
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- Daitoue
- 发布于 2018-09-21 17:05
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ggplot2控制百分比坐标
在利用ggplot2绘图过程中常会要求Y轴显示为百分比类型，需要借助包scales 和ggplot2中的函数scale_y_continuous（labels）来控制 譬如绘制相关百分比或者密度频率等类型的图片时可以将对应的...
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- Daitoue
- 发布于 2018-09-21 15:58
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直方图---ggplot2（每组内添加对应的count 或者density文本标签）
利用ggplot2绘制直方图，基于几何对象geom_histogram()函数 geom_histogram(mapping = NULL, data = NULL, stat = "bin", position = "stack", ..., binwidth = NULL, bins = NULL, na.rm =...
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- Daitoue
- 发布于 2018-09-14 00:08
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