Vennerable包的安装
Vennerable包并没有在CRAN，所以他的安装需要提供相应的链接，其安装方法可以在：http://r-forge.r-project.org/projects/vennerable 找到，或者 https://github.com/js229/Vennerable 后者...
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- Daitoue
- 发布于 2018-10-26 16:18
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Daitoue
plot单独画出pheatmap返回的聚类结果（聚类树）
前面两篇文章介绍到pheatmap返回行和列的hclust结果： pheatmap返回的结果解释（获得新的排序信息） http://www.omicsclass.com/article/507 cutree对pheatmap返回结果实现聚类cluster划分 ...
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- Daitoue
- 发布于 2018-10-19 15:44
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microRNA
ggplot2点图geom_point中aes(shape)映射
此前在相关文章中详细介绍了关于geom_point 在设定shape时可以进行多少设置，每种出现的结果： http://www.omicsclass.com/article/475 区别与点shape设定，点的shape 映射必须转化成因子，连...
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- Daitoue
- 发布于 2018-10-12 15:07
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ggplot2控制坐标轴截距交点位置（原点）
ggplot2绘图结果往往X轴和Y轴的交点往往不是原点：譬如下图y轴就不是起始于0 调整坐标起始位点可以利用scale_y_continuous(expand = c(0, 0))或者scale_x_continuous(expand = c(0, 0)) expa...
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- Daitoue
- 发布于 2018-09-21 17:05
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ggplot2控制百分比坐标
在利用ggplot2绘图过程中常会要求Y轴显示为百分比类型，需要借助包scales 和ggplot2中的函数scale_y_continuous（labels）来控制 譬如绘制相关百分比或者密度频率等类型的图片时可以将对应的...
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- Daitoue
- 发布于 2018-09-21 15:58
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直方图---ggplot2（每组内添加对应的count 或者density文本标签）
利用ggplot2绘制直方图，基于几何对象geom_histogram()函数 geom_histogram(mapping = NULL, data = NULL, stat = "bin", position = "stack", ..., binwidth = NULL, bins = NULL, na.rm =...
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- Daitoue
- 发布于 2018-09-14 00:08
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Rstuido相关快捷键
部分Rstudio快捷键 Ctrl - o 打开文件 Ctrl - Shift - C 取消注释或注释当前选定区域 Ctrl - f 查找搜索 Ctrl - = 查找替换
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- Daitoue
- 发布于 2018-09-09 19:58
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ggplot2位置调整position
ggplot2 的geom()函数（几何对象）中常涉及图形元素的位置调整position，通过不同的参数调整可以使图片呈现不同的效果，主要的位置调整涉及如下方式： position 描述 dodge 避免重叠，并...
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- Daitoue
- 发布于 2018-09-07 15:11
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饼图中添加文字的位置控制-ggplot2（非公式）
介绍不利用公式，而利用geom_bar(position)geom_text（postion)控制饼图文字的添加过程
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- Daitoue
- 发布于 2018-09-05 13:25
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ggplot2不同几何对象所能对应的图形属性
不同几何对应所能对应的图形属性设置，以及默认的统计变换形式。 表格如下： geom stat aes geom_abline abine colour,linetype,size geom_area identity colour,fill,linetype...
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- Daitoue
- 发布于 2018-08-31 15:03
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ggplot2图片保存
R语言中可以将图片结果保存成pdf或者png，具体涉及两种方法： pdf()和png() 以ggplot2绘图结果： http://www.omicsclass.com/article/92 的图片保存为例 pdf(file = "p.pdf",width =1...
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- Daitoue
- 发布于 2018-08-23 11:42
- 阅读 ( 26519 )
ggplot2隐藏图例
这里简单介绍两个隐藏图例的方法 其一利用引导元素guides实现： 譬如借用www.omicsclass.com/article/92 分组柱状图代码： library('ggplot2')library('reshape2')A = c("A","B","C","D","E"...
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- Daitoue
- 发布于 2018-08-23 11:30
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ggplot2几个主题类型
演示ggplot2几个默认的主题类型，直接套用对应的函数即可 数据参考 http://www.omicsclass.com/article/92 dat type Sample Num1 A sample1 902 B sample1 343 C sample1 ...
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- Daitoue
- 发布于 2018-08-17 16:33
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饼图pie-ggplot2
绘制饼图的过程中，利用ggplot2的geom_bar结合coord_polar实现，需要理解的点是饼图的排布是按照aes(fill）的因子顺序确定的。譬如数据如下 > dat type Num1 A 902 B 343 C 56...
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- Daitoue
- 发布于 2018-08-17 14:28
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安生水
R 语言colors()657种颜色
R进行绘图多会涉及颜色搭配问题，利用colors()可以获得R种的657种颜色名称。 head(colors(),20) [1] "white" "aliceblue" "antiquewhite" "antiquewhite1" [5] "antiquewhite2" "...
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- Daitoue
- 发布于 2018-08-10 14:29
- 阅读 ( 13662 )
MA plot 绘图计算公式
MA图主要应用在基因组数据可视化方面，实现数据分布情况的展示。早期主要应用于DNA芯片数据，现在常用于高通量测序数据中基因差异表达分析结果的展示。 其计算公式如下： M一般做Y轴...
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- Daitoue
- 发布于 2018-08-10 13:20
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ggplot2主题theme参数
ggplot2绘图theme参数设置 theme(line, rect, text, title, aspect.ratio, axis.title, axis.title.x, axis.title.x.top, axis.title.y, axis.title.y.right, axis.text, axis.text.x, axis....
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- Daitoue
- 发布于 2018-08-08 17:50
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rmvnorm函数生成随机矩阵
借助rmvnorm()生成一个多维正态随机矩阵 安装mvtnorm包 > install.packages("mvtnorm")> library(mvtnorm) 生成随机矩阵x=rmvnorm(n,mean=rep(0,nrow(sigma)),sigma=diag(length(mean)…)...
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- Daitoue
- 发布于 2018-07-25 11:42
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