eclipse当中R插件StatET安装

StatET是一个eclipse R语言高亮显示插件,可以高亮显示R语言代码。安装之前请在电脑中提前安装好R编译环境。 支持在Eclipse平台上(通过将代码发送到R)运行R代码 支持语法高亮显示 支持使用R代码模板 支持创建R的文档文件(*.Rd) 可以从Eclipse运行R命令

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-18 16:19
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删除向量中指定的元素(借助向量中元素索引)

在进行数据处理的过程中,可能会要求删除向量中某个指定的元素,这一操作可以利用R 语言向量中每个元素都对应一个索引完成,而获取索引下标可以利用which(),而match()只会返向量中第一次出现的...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-07-16 18:05
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创建有序因子

利用factor() 或者ordered() 两个函数将普通变量转换成有序因子。

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-07-13 17:29
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GEOquery 读取本地表达矩阵压缩包

利用GEOquery包的getGEO()可以进行芯片相关数据的下载,不过,有人反映不少芯片的表达矩阵下载经常出错,可以通过手动下载的方式将矩阵文件下载到对应的工作路径中: 矩阵文件的基本命名格式...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-07-06 16:00
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R语言绘制维恩图空值NA处理

行数不同的数据读入R,批量去除NA,绘制韦恩图。

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-05 16:16
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Vennerable绘制维恩图颜色比较丑如何自己设置颜色

Vennerable绘制维恩图颜色比较丑如何自己设置颜色。

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-04 12:02
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R语言统计相同ID出现的频率并用ggplot2绘制柱状图

统计相同ID出现的频率,并用ggplot绘制柱状图;

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-01 15:46
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R语言统计数据范围并用ggplot2绘制柱状图

R语言,按数值范围统计频次,绘制柱状图

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-01 15:33
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R处理大数据时内存out of memory的问题

R处理大数据时偶尔会出现out of memory的问题,相关解决方法: 1、memory.size()查看当前work space内存使用状况(MB) 2、memory.limit()查看当前work space运行使用内存的上限 > memo...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-06-29 13:16
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R 删除重复数据

R 删除重复数据的方法,包括duplicated 和unique 针对duplicated, 对向量的元素或数据框的行进行操作的时候,返回逻辑值,以下面的数据框为例:  dat   A B C D1  a b a c2  c k b d3  c k c c4...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-06-27 22:00
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Hierarchical clustering主要聚类方法与R语言中聚类函数的应用

系统聚类Hierarchical clustering(层次聚类、谱系聚类)— 最短距离法(single linkage)— 最长距离法 (complete linkage)— 中间距离法 (median method)— 可变距离法 (flexible median)— 重心...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-06-22 12:11
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ggplot2几何设置——geom

列举ggplot2的geom设置内容,方便查找绘图对应方法

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-06-22 09:59
  • 阅读 ( 4686 )

火山图--ggplot2

利用ggplot2进行火山图的绘制

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-06-15 09:59
  • 阅读 ( 6611 )

melt函数对数据进行整合

借助reshape2包melt函数对数据进行整形处理,改变数据组合方式

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-06-15 09:30
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绘制类似于箱线图的散点图

使用R语言绘制类似于箱线图的散点图

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  • 安生水
  • 发布于 2018-06-08 12:06
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linux系统当中源码安装R,无root权限安装

1.安装zlib1.2.5版本及以上 cd zlib-1.2.11 ./configure --prefix =/share/work/biosoft/zlib make make install 2.安装bzip cd bzip2-1.0.6 make -f Makefile-libbz...

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-06-02 18:03
  • 阅读 ( 5316 )

R-对NA 数据进行处理

对数据中存在的NA情况进行处理,替换或者删除

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-06-01 13:54
  • 阅读 ( 2197 )

R数据集合并

在进行数据集处理时,经常会合并两个数据集,这里说一下合并数据集常用的2个函数: 合并列:cbind 合并行:rbind 1.cbind cbind使用非常直观简单。当我们需要直接合并2个矩阵或数据框,不需...

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  • 安生水
  • 发布于 2018-06-01 13:03
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这种机器学习算法已经在微生物分析中成功应用

《Nature》发文证明了某种机器学习算法能够对微生物群落样本进行有效且准确的分类,并且可以找出能够区分组间差异的关键成分(OTU或物种)。本文介绍了该算法的实现形式和应用。

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  • 安生水
  • 发布于 2018-04-22 10:58
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