每天学习一点点
如何从GWAS结果中获取表型解释率PVE——TASSEL、GEMMA篇
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- 星莓
- 发布于 2024-01-11 14:09
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星莓
trimAL | 多序列比对中剪切掉不保守部分的参数
在生信分析时，经常会做一下蛋白多序列比对。对于比对结果中，一些不保守的列，我们可以选择剪切掉。再进行之后的分析，比如构建进化树，进化树的构建会容易很多。 剪切序列时有一个非常好用的...
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- rzx
- 发布于 2023-12-13 10:51
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rzx
叶绿体/线粒体散在重复序列注释——REPuter
REPuter可注释叶绿体重复序列，包括4种类型，Forward（F）, Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P)。 REPuter 是可在线注释， 详情可参考文献 REPuter: the manifold applications of...
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- 星莓
- 发布于 2023-10-11 15:30
- 阅读 ( 3073 )
使用bcftools文件提取vcf文件子集
1. 准备好要提取的染色体及位置信息文件id.list。文件示例如下： Chr1 11787600 11793521Chr1 30028805 30042382Chr1 54966087 54970283Chr1 57228272 ...
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- rzx
- 发布于 2024-03-11 18:13
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安生水
R包 CandiHap 进行单倍型分析
CandiHap是一款应用于全基因组关联分析（GWAS）后，快速分析基因单倍型来鉴定候选基因的一款友好软件。研究者可通过该软件对单个基因，或者对GWAS显著关联位点LD范围内所有基因进行单倍型分析，发现与性状显著关联的单倍型和候选基因。
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- Ti Amo
- 发布于 2023-10-16 15:30
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Ti Amo
BLINK（C版本） 进行 GWAS分析的教程
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- 星莓
- 发布于 2023-12-27 11:31
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转录组个性化分析之可变剪切分析工具：rMATS turbo
转录组个性化分析之可变剪切分析工具：rMATS turbo
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- 安生水
- 发布于 2024-04-01 11:36
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蛋白质组学数据定量搜库 | MaxQuant软件的使用
简介： MaxQuant是基于质谱(Ms)的蛋白质组学数据分析最常用的平台之一，免费使用，目前认可度相对较高，可针对多种质谱数据格式（.raw、.wiff、.mzML、.mzxml）。且内置了自己的肽段搜索引擎-...
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- rzx
- 发布于 2024-06-26 11:52
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vcf过滤时GATK和bcftools的index报错及解决方式
gatk报错 An index is required but was not found for file drivingVariantFile。 bcftools报错 index: the file is not BGZF compressed, cannot index
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- 星莓
- 发布于 2023-12-05 10:01
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TGS-gapcloser 安装与使用
基因组组装过程中会得到草图的scaffold，需要进一步进行gaps的关闭。TGS-gapcloser 是华大基因开发的，一个利用其他组装或是长度长测序数据对草图进行gap填充的一款软件。
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- Ti Amo
- 发布于 2023-10-30 17:19
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cytoscape软件的安装与使用_v3.10.2
Cytoscape 是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。它的核心是提供基础的功能布局和查询网络，并依据基本的数据的结合成可视化网络。
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- rzx
- 发布于 2024-04-30 17:41
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叶绿体/线粒体基因组的串联重复序列鉴定——TRF
TRF网站是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件，无需安装，使用简单方便，同样适用于细胞器基因组的串联重复序列鉴定。 https://tandem.bu.edu/trf/trf.html
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- 星莓
- 发布于 2023-11-29 10:51
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LTR_HARVEST的并行软件LTR_HARVEST_parallel
在对基因组进行评估的时候，LAI是连贯性完整性的指标之一。目前经常使用的计算 LAI 的软件是 LTR_retriever，他并非是一个单一的工具，而是通过整合多个LTR预测软件的结果，过滤其中的假阳性LTR...
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- Ti Amo
- 发布于 2024-01-04 14:29
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cytoscape安装报错：No JVM could be found on your system
cytoscape安装报错：No JVM could be found on your system，通常是由于不适配的java版本
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- 每天学习一点点
- 发布于 2023-11-23 17:41
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SURVIVOR合并单样品SV出错
在做SV、CNV变异检测时，会使用SURVIVOR将不用样品的vcf文件合并到一起，命令如下： ls *.max.vcf >sample_files && /share/work/biosoft/SURVIVOR/SURVIVOR/Debug/SURVIVOR merge...
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- 安生水
- 发布于 2023-12-13 13:51
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