GATK 4.4.0报错“ A JNI error has occurred, please check your installation and try again”
报错 在利用GATK进行markdup和variant calling的时候出现报错： 报错的主要信息用红框框出了，错误信息是：错误为发生JNI错误，请检查安装并重试。 出现报错的原因： 1. javac与java版本...
- 0
- 0
- Ti Amo
- 发布于 2024-03-25 11:54
- 阅读 ( 1174 )
Ti Amo
每天学习一点点
安生水
gtfToGenePred报错
使用gtfToGenePred的命令和报错： gtfToGenePred -genePredExt Drosophila_melanogaster.BDGP6.46.57.gtf refFlat.tmp.txtDrosophila_melanogaster.BDGP6.46.57.gtf (GFF not supported by t...
- 0
- 0
- Ti Amo
- 发布于 2024-06-13 11:47
- 阅读 ( 867 )
PASA报错：unique constraint failed: asmbl_link.asmbl_acc, asmbl_link.cdna_acc
通常会从同源、转录组、从头三个方面进行基因结构注释，其中PASA是转录组注释的常用软件。 报错： 把三代转录组数据投入PASA是出现报错：unique constraint failed: asmbl_link.asmbl_acc, as...
- 0
- 3
- Ti Amo
- 发布于 2024-09-30 13:50
- 阅读 ( 812 )
samtools | 提取部分染色体的bam信息
01. samtools提取bam文件中某部分染色体相关信息 samtools view -b -h XX.bam chr1 chr4 >XX2.bam 02. samtools构建bam文件的索引 samtools index XX2.bam
- 0
- 0
- rzx
- 发布于 2024-12-19 16:28
- 阅读 ( 806 )
rzx
MITE_Hunter 第六步报错 aln not exits
MITE属于II类非自主转座因子，可以使用MITE_Hunter进行检测，MITE_Hunter的运行一共有8步。 1. 报错信息 在运行第六步（-S 6）的时候出现报错： 2. 报错原因 发现第六步执行： 在MITE_...
- 0
- 0
- Ti Amo
- 发布于 2024-08-05 10:36
- 阅读 ( 718 )
SRA Toolkit 工具首次使用提示“This sra toolkit installation has not been configured”
SRA Toolkit 是一套由 NCBI (National Center for Biotechnology Information) 开发的软件工具，用于从 SRA (Sequence Read Archive) 数据库下载和处理生物序列数据。
- 0
- 0
- 每天学习一点点
- 发布于 2024-09-09 16:31
- 阅读 ( 715 )
xun
pfamscan程序-translate和python的translate冲突问题
pfamscan程序-translate和python的translate冲突
- 0
- 0
- Ti Amo
- 发布于 2024-08-27 16:44
- 阅读 ( 691 )
ifconfig不显示ip
如题,在ifconfig的时候如果没有出现IP地址,同时确保自己网络连接没问题 nmcli con show NAME UUID TYPE DEVICE eno1 1377a295-708b-4cb4-a1cb-0...
- 0
- 0
- xun
- 发布于 2024-10-10 15:57
- 阅读 ( 634 )
perl报错：symbol lookup error: xxxxx: undefined symbol: Perl_xs_handshake
glimmhmm是一个基因从头预测的软件，他的运行需要先训练模型再预测基因 报错： 运行trainGlimmerHMM的时候出现报错”undefined symbol: Perl_xs_handshake“ 问题： per调用的lib里面没有相关...
- 0
- 0
- Ti Amo
- 发布于 2024-10-22 13:55
- 阅读 ( 604 )
HiC-Pro 报错检索解决
报错： 运行HiC-Pro的时候出现报错： 去看log文件发现： 只能知道是在比对的step1就出现了问题。 问题查找： 此时我们需要去HiC-Pro的scripts文件夹下面去查看Makefile这个文件，看一...
- 0
- 0
- Ti Amo
- 发布于 2024-10-28 15:12
- 阅读 ( 591 )
seqkit | 对fa序列文件中序列长度进行筛选
seqkit seq -m 50 XX.fa > XX1.fa 将XX.fa文件中序列长度低于50的序列删除
- 0
- 0
- rzx
- 发布于 2024-11-19 19:01
- 阅读 ( 544 )
hisat2-build报错：Error: Encountered internal HISAT2 exception (#1)
hisat2-build报错：Error: Encountered internal HISAT2 exception (#1)
- 0
- 0
- 安生水
- 发布于 2024-12-11 15:15
- 阅读 ( 487 )
linux 编码转换
在linux里面编辑二进制文件有以下两种方法： 1. vim 打开二进制文件： vim -b 文件 将内容转换成16进制： :%!xxd 转换回来： :%!xxd -r 2. iconv # 将UTF-8编码的wx.txt文件转换为GB...
- 0
- 0
- Ti Amo
- 发布于 2024-12-03 14:56
- 阅读 ( 446 )
annovar的染色体识别问题
如果是非数字形式的染色体编号（尤其是其中有特殊字符），annovar的注释可能会有问题，需要改成数字格式
- 0
- 0
- 每天学习一点点
- 发布于 2024-11-22 10:02
- 阅读 ( 415 )
