如何从GWAS结果中获取表型解释率PVE——TASSEL、GEMMA篇
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- 星莓
- 发布于 2024-01-11 14:09
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星莓
安生水
超快的文件传输软件trzsz
对于服务器而言,和本地的文件互相传输是家常便饭,scp虽然快速,但是毕竟要打很多字,有点麻烦,lrzsz十多年没跟新了,所以我推荐了这个软件trzsz用法和lrzsz差不多,也有额外的功能,有需要自己看帮助...
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- xun
- 发布于 2024-01-09 10:56
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xun
LTR_HARVEST的并行软件LTR_HARVEST_parallel
在对基因组进行评估的时候，LAI是连贯性完整性的指标之一。目前经常使用的计算 LAI 的软件是 LTR_retriever，他并非是一个单一的工具，而是通过整合多个LTR预测软件的结果，过滤其中的假阳性LTR...
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- Ti Amo
- 发布于 2024-01-04 14:29
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Ti Amo
BaiduPCS-Go上传经常出错
使用BaiduPCS-Go上传文件经常出现错误,检查一下版本 直接使用软件自带的不一定下载成功 ,所以手动下载一下,这个版本直接解压就行,有需要的可以下一下,不需要编译了, BaiduPCS-Go-v3.9.5-li...
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- xun
- 发布于 2024-01-02 15:54
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BLINK（C版本） 进行 GWAS分析的教程
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- 星莓
- 发布于 2023-12-27 11:31
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SURVIVOR工具进行结构变异结果文件的格式转换（bedtovcf）
结构变异结果文件格式转换工具——SURVIVOR
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- 每天学习一点点
- 发布于 2023-12-26 17:31
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每天学习一点点
GATK|Timeout of 30000 milliseconds was reached while trying to acquire a lock on file raw.vcf.tmp.idx.
解决办法：https://www.omicsclass.com/article/2194 这里还有一个需要做的步骤，就是先将raw.vcf.tmp.idx文件找到并删除，一般情况下这个文件是空的。 然后再在命令行中添加-disable_auto_in...
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- rzx
- 发布于 2023-12-15 10:23
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rzx
SURVIVOR合并单样品SV出错
在做SV、CNV变异检测时，会使用SURVIVOR将不用样品的vcf文件合并到一起，命令如下： ls *.max.vcf >sample_files && /share/work/biosoft/SURVIVOR/SURVIVOR/Debug/SURVIVOR merge...
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- 安生水
- 发布于 2023-12-13 13:51
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一行代码检查GWAS分析中表型数据的错误
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- 星莓
- 发布于 2023-12-13 10:56
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trimAL | 多序列比对中剪切掉不保守部分的参数
在生信分析时，经常会做一下蛋白多序列比对。对于比对结果中，一些不保守的列，我们可以选择剪切掉。再进行之后的分析，比如构建进化树，进化树的构建会容易很多。 剪切序列时有一个非常好用的...
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- rzx
- 发布于 2023-12-13 10:51
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vcf过滤时GATK和bcftools的index报错及解决方式
gatk报错 An index is required but was not found for file drivingVariantFile。 bcftools报错 index: the file is not BGZF compressed, cannot index
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- 星莓
- 发布于 2023-12-05 10:01
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叶绿体/线粒体基因组的串联重复序列鉴定——TRF
TRF网站是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件，无需安装，使用简单方便，同样适用于细胞器基因组的串联重复序列鉴定。 https://tandem.bu.edu/trf/trf.html
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- 星莓
- 发布于 2023-11-29 10:51
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cytoscape安装报错：No JVM could be found on your system
cytoscape安装报错：No JVM could be found on your system，通常是由于不适配的java版本
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- 每天学习一点点
- 发布于 2023-11-23 17:41
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circos|修改不同染色体之间区块block及连线link的颜色
circos圈图绘制时所有的修改参数都是基于配置文件config.txt。 想要让不同染色体之间区块显示不同颜色。可以修改config.txt中rule参数： <link> #全基因组共线性 bezier_radius=0r...
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- rzx
- 发布于 2023-11-22 11:41
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GeneDoc|绘制基因多序列比对图时对序列进行排序
打开GeneDoc软件，输入序列之后，序列顺序是输入文件中序列的顺序。如图： 这种情况下想使序列按照ID进行排序的话，应选择菜单栏中“Sequence List”选项，如图【S】： 在弹出界面选择<Sort...
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- rzx
- 发布于 2023-11-16 14:49
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BWA mem比对报错 paired reads have different names 解决
问题： 在用BWA进行序列比对时出现：[mem_sam_pe] paired reads have different names: "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:2582:12633:UMI_AAT_GTA", "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:1624:12633:UMI...
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- 星莓
- 发布于 2023-11-16 13:49
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