软件工具 - 文章 - 第4页 - 组学大讲堂问答社区

break报错

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安生水
发布于 2023-12-06 14:47
阅读 ( 942 )

vcf过滤时GATK和bcftools的index报错及解决方式

gatk报错 An index is required but was not found for file drivingVariantFile。 bcftools报错 index: the file is not BGZF compressed, cannot index

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星莓
发布于 2023-12-05 10:01
阅读 ( 2806 )

叶绿体/线粒体基因组的串联重复序列鉴定——TRF

TRF网站是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件，无需安装，使用简单方便，同样适用于细胞器基因组的串联重复序列鉴定。 https://tandem.bu.edu/trf/trf.html

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星莓
发布于 2023-11-29 10:51
阅读 ( 2217 )

cytoscape安装报错：No JVM could be found on your system

cytoscape安装报错：No JVM could be found on your system，通常是由于不适配的java版本

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每天学习一点点
发布于 2023-11-23 17:41
阅读 ( 1860 )

circos|修改不同染色体之间区块block及连线link的颜色

circos圈图绘制时所有的修改参数都是基于配置文件config.txt。想要让不同染色体之间区块显示不同颜色。可以修改config.txt中rule参数： <link> #全基因组共线性 bezier_radius=0r...

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rzx
发布于 2023-11-22 11:41
阅读 ( 1525 )

GeneDoc|绘制基因多序列比对图时对序列进行排序

打开GeneDoc软件，输入序列之后，序列顺序是输入文件中序列的顺序。如图：这种情况下想使序列按照ID进行排序的话，应选择菜单栏中“Sequence List”选项，如图【S】：在弹出界面选择<Sort...

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rzx
发布于 2023-11-16 14:49
阅读 ( 1543 )

BWA mem比对报错 paired reads have different names 解决

问题：在用BWA进行序列比对时出现：[mem_sam_pe] paired reads have different names: "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:2582:12633:UMI_AAT_GTA", "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:1624:12633:UMI...

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星莓
发布于 2023-11-16 13:49
阅读 ( 1361 )

seqkit计算基因组大小

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安生水
发布于 2023-11-08 10:21
阅读 ( 1362 )

screen软件快捷键修改

screen技巧

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xun
发布于 2023-11-06 16:06
阅读 ( 809 )

使用NCBI——Batch Entrez批量下载蛋白序列

使用NCBI自带的工具实现蛋白序列的批量下载

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每天学习一点点
发布于 2023-11-01 13:53
阅读 ( 9733 )

数据分析代码2__用法

代码介绍

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xun
发布于 2023-10-31 17:32
阅读 ( 762 )

TGS-gapcloser 安装与使用

基因组组装过程中会得到草图的scaffold，需要进一步进行gaps的关闭。TGS-gapcloser 是华大基因开发的，一个利用其他组装或是长度长测序数据对草图进行gap填充的一款软件。

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Ti Amo
发布于 2023-10-30 17:19
阅读 ( 2461 )

Unicycler二代、三代混合组装

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星莓
发布于 2023-10-26 14:31
阅读 ( 1544 )

RagTag：同源锚定延伸

RagTag是一个集合功能的软件可以用来构建scaffold、提升基因组组装质量

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Ti Amo
发布于 2023-10-25 13:35
阅读 ( 1456 )

绘制HIC热图

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安生水
发布于 2023-10-25 10:42
阅读 ( 2496 )

Bowtie2使用方法与参数详细介绍

对参考序列构建indexbowtie2-build genome.fasta index尝试使用前10000个reads进行比对bowtie2 -u 10000 -p 8 -x index -1reads1.fq -2 reads2.fq -S out.sam使用8个线程进行比对bowtie2 -p 8...