软件工具 - 文章 - 第4页 - 组学大讲堂问答社区

seqkit计算基因组大小

0
0
安生水
发布于 2023-11-08 10:21
阅读 ( 1199 )

screen软件快捷键修改

screen技巧

0
1
xun
发布于 2023-11-06 16:06
阅读 ( 683 )

使用NCBI——Batch Entrez批量下载蛋白序列

使用NCBI自带的工具实现蛋白序列的批量下载

1
1
每天学习一点点
发布于 2023-11-01 13:53
阅读 ( 8688 )

数据分析代码2__用法

代码介绍

0
0
xun
发布于 2023-10-31 17:32
阅读 ( 659 )

TGS-gapcloser 安装与使用

基因组组装过程中会得到草图的scaffold，需要进一步进行gaps的关闭。TGS-gapcloser 是华大基因开发的，一个利用其他组装或是长度长测序数据对草图进行gap填充的一款软件。

0
0
Ti Amo
发布于 2023-10-30 17:19
阅读 ( 2213 )

Unicycler二代、三代混合组装

0
0
星莓
发布于 2023-10-26 14:31
阅读 ( 1376 )

RagTag：同源锚定延伸

RagTag是一个集合功能的软件可以用来构建scaffold、提升基因组组装质量

0
0
Ti Amo
发布于 2023-10-25 13:35
阅读 ( 1273 )

绘制HIC热图

0
0
安生水
发布于 2023-10-25 10:42
阅读 ( 2077 )

Bowtie2使用方法与参数详细介绍

对参考序列构建indexbowtie2-build genome.fasta index尝试使用前10000个reads进行比对bowtie2 -u 10000 -p 8 -x index -1reads1.fq -2 reads2.fq -S out.sam使用8个线程进行比对bowtie2 -p 8...

0
0
rzx
发布于 2023-10-18 17:58
阅读 ( 1728 )

近期常用命令记录——比对并提取fq，ncbi下载并转化为fq，序列提取等

记录近期常用命令

0
0
星莓
发布于 2023-10-18 13:37
阅读 ( 1016 )

R包 CandiHap 进行单倍型分析

CandiHap是一款应用于全基因组关联分析（GWAS）后，快速分析基因单倍型来鉴定候选基因的一款友好软件。研究者可通过该软件对单个基因，或者对GWAS显著关联位点LD范围内所有基因进行单倍型分析，发现与性状显著关联的单倍型和候选基因。

0
0
Ti Amo
发布于 2023-10-16 15:30
阅读 ( 2938 )

使用picard对参考序列建索引时报错“java.lang.IllegalArgumentException: File is not a supported reference file type”

报错：Caused by: java.lang.IllegalArgumentException: File is not a supported reference file type

0
0
rzx
发布于 2023-10-13 10:53
阅读 ( 882 )

叶绿体/线粒体散在重复序列注释——REPuter

REPuter可注释叶绿体重复序列，包括4种类型，Forward（F）, Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P)。 REPuter 是可在线注释，详情可参考文献 REPuter: the manifold applications of...

1
0
星莓
发布于 2023-10-11 15:30
阅读 ( 3600 )

运行Linux版本ProteoWizard中的chainsaw工具时报错

chainsaw工具，用于预测蛋白序列的酶切结果运行命令： chainsaw test.fasta 报错： locale::facet::_S_create_c_locale name not valid 解决：在当前环境中运行命令 export LC_ALL=C;...

0
0
rzx
发布于 2023-09-27 15:02
阅读 ( 687 )

EndHiC绘制HIC热图

0
0
安生水
发布于 2023-09-26 17:25
阅读 ( 1229 )

GATK报错：Could not find walker with name: VariantFiltration

在使用GATK软件的时候出现报错命令行： /share/work/biosoft/java/latest/bin/java -XX:ParallelGCThreads=5 -Xmx50g -Djava.io.tmpdir=/share/nas5/renzx/project/zx-20230821-248_noref_...