星莓
Seqtk | 一个快速处理FASTA和TASTQ文件的工具
Seqtk工具地址：https://github.com/lh3/seqtk Seqtk工具命令： 操作举例： 01. 将FASTQ格式文件转换成FASTA格式； seqtk seq -a in.fq.gz > out.fa 02. 将FASTQ（Illumina 1.3+）格式...
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- rzx
- 发布于 2023-06-26 14:20
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rzx
Rush：一款强大的Linux并行任务执行工具
Rush（Rapid Utilities SHell）是一款强大的并行任务执行工具，专门设计用于在Linux或Unix环境中进行批处理任务。该工具的设计初衷是为了使并行处理和任务管理变得更为简洁明了，同时具备灵活性...
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- xun
- 发布于 2023-06-20 14:15
- 阅读 ( 1727 )
xun
Orthofinder-构建物种系统发育树(Phylogenetic tree)
在前一篇文章里写了使用OthroFinder软件构建物种同源基因分析的工作原理的介绍，这次就利用Orthofinder结果中的数据来绘制物种系统发育树（Phylogenetic tree）。 在Orthofinder结果文件中有一...
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- rzx
- 发布于 2023-06-15 17:33
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安生水
OthroFinder-物种同源基因分析工作原理
Orthofinder是做直系同源基因分析时常用软件，除此之外，还可以使用OrthoMCL，今天主要介绍Orthofinder软件的工作流程。 1. Orthofinder发表的工作流程如上图： 1.1 （a）将所有物种的...
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- rzx
- 发布于 2023-06-15 16:15
- 阅读 ( 4111 )
提取 VCF 文件中的基因型信息
VCF 是一种常用的生物信息学文件格式，用于存储基因组中的遗传变异数据，特别是单核苷酸多态性（SNP）和小插入/缺失（Indel）等变异。 VCF 文件通常由文本格式组成，可以用文本编辑器进行查看...
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- 星莓
- 发布于 2023-06-15 15:59
- 阅读 ( 5481 )
csvtk，A powerful software for handling CSV files
CSVTK，即CSV工具包，是一个用于处理逗号分隔值（CSV）文件的实用命令行程序。由于其简单性、灵活性和效率，对于经常处理CSV文件的人来说，特别是在数据科学、生物信息学以及任何需要数据分析的...
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- xun
- 发布于 2023-06-08 09:54
- 阅读 ( 1104 )
运行命令makeblastdb建库时报错，生成pdb-lock 空文件。
运行命令makeblastdb -in all.pep.fa -dbtype prot -title all.pep.fa 时卡住报错，生成all.pep.fa.pdb-lock 空文件。 解决：makeblastdb 工具版本问题，从2.13.0版本改成2.6.0版本，就可以...
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- rzx
- 发布于 2023-06-05 15:20
- 阅读 ( 1209 )
blastn使用教程及结果详解
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具，直接输入fasta格式的序列文件就可进行比对
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- 星莓
- 发布于 2023-05-29 14:49
- 阅读 ( 5066 )
python2运行lefse软件的时候报错
使用python2运行lefse软件的时候报错这是因为当前LEfSe依赖的R包rpy2的版本与你的R版本不兼容，你可以尝试更新一个rpy2的小版本，比如我更新了 pip2 install rpy2==2.8.6 随后就可以直接使用...
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- xun
- 发布于 2023-05-12 18:06
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Minimap2安装与使用
minimap2是生信大牛Heng Li在2018年发表的三代序列比对工具。与传统的bwa相比，Minimap2可以用于三代测序， 也支持 splicing awared 比对；与一些传统三代比对工具相比，Minimap2 速度非常快，...
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- 星莓
- 发布于 2023-05-12 11:07
- 阅读 ( 8661 )
很大的压缩文件计算行数
这个其实很多办法都可以做到，基本就是靠zcat后接awk，sed，或者wc命令，不过速度差强人意，比如这个 awk应该是这几个里最快的，但一个3个G左右的文件仍然运行了接近2分钟，考虑到还有几个30个...
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- xun
- 发布于 2023-05-05 15:22
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根据fastq ID列表，输出指定ID对应的双端或单端fastq文件
如果某fq_clean文件的其中一端出现了错误，我们手里还持有他的原始数据，那我们就可以用以下方法处理1，首先提取clean文件另一端的id，我用了python脚本 import gzipimport argparsedef extrac...
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- xun
- 发布于 2023-05-05 13:31
- 阅读 ( 748 )
