安生水
python2运行lefse软件的时候报错
使用python2运行lefse软件的时候报错这是因为当前LEfSe依赖的R包rpy2的版本与你的R版本不兼容，你可以尝试更新一个rpy2的小版本，比如我更新了 pip2 install rpy2==2.8.6 随后就可以直接使用...
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- xun
- 发布于 2023-05-12 18:06
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xun
Minimap2安装与使用
minimap2是生信大牛Heng Li在2018年发表的三代序列比对工具。与传统的bwa相比，Minimap2可以用于三代测序， 也支持 splicing awared 比对；与一些传统三代比对工具相比，Minimap2 速度非常快，...
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- 星莓
- 发布于 2023-05-12 11:07
- 阅读 ( 9318 )
星莓
很大的压缩文件计算行数
这个其实很多办法都可以做到，基本就是靠zcat后接awk，sed，或者wc命令，不过速度差强人意，比如这个 awk应该是这几个里最快的，但一个3个G左右的文件仍然运行了接近2分钟，考虑到还有几个30个...
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- xun
- 发布于 2023-05-05 15:22
- 阅读 ( 761 )
根据fastq ID列表，输出指定ID对应的双端或单端fastq文件
如果某fq_clean文件的其中一端出现了错误，我们手里还持有他的原始数据，那我们就可以用以下方法处理1，首先提取clean文件另一端的id，我用了python脚本 import gzipimport argparsedef extrac...
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- xun
- 发布于 2023-05-05 13:31
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三代数据SV检测软件安装与使用——cuteSV
三代测序在检测基因组结构变异方面有着很大的优势，但是由于数据分析算法、软件还处于不断开发更新中，当前还没有公认推荐的软件。这里为大家推荐一款国人开发的三代数据SV检测软件—cuteSV。该...
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- 星莓
- 发布于 2023-04-28 14:14
- 阅读 ( 1858 )
生信阿姨
从fasta基因组中提取反向互补序列
从fasta基因组中提取反向互补序列，借助bedtools工具。 bedtools getfasta -fi Dlong_asm_chr.fasta -bed DlNIP.bed -s -fo DlNIP.bed.fa -fi 基因组文件 -bed 基因位置 共6列：【染色...
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- rzx
- 发布于 2023-02-27 14:22
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rzx
叶绿体基因组四个区边界作图——irscope：本地化及使用教程（2023.02）
大部分植物的叶绿体基因组具有典型的四分体结构，即由LSC、SSC以及一对IR区域构成，IR和SSC区域的收缩与扩张是常见的进化事件。通过irscope工具可以将多个物种叶绿体的区域边界进行可视化对比...
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- 星莓
- 发布于 2023-02-15 15:53
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MISA(在线)注释叶绿体基因组SSR
SSR (Simple Sequence Repeat)，即简单重复序列，是一种以PCR技术为核心的DNA分子标记技术，也称为微卫星序列或者串联重复。
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- 星莓
- 发布于 2023-02-06 11:04
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保姆式教程！手把手教你使用Simplot，绘制高大上的序列相似性图片
保姆式教程！手把手教你使用Simplot，绘制高大上的序列相似性图片
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- 生信阿姨
- 发布于 2023-01-31 15:30
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Win11怎么关闭Hyper-V?关闭Hyper-V的2种方法
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- 生信阿姨
- 发布于 2023-01-30 16:28
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Win11彻底卸载WSL2系统（去除导航窗格Linux图标）
Win11彻底卸载WSL2系统（去除导航窗格Linux图标）
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- 生信阿姨
- 发布于 2023-01-30 15:11
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