三代数据SV检测软件安装与使用——cuteSV

三代测序在检测基因组结构变异方面有着很大的优势,但是由于数据分析算法、软件还处于不断开发更新中,当前还没有公认推荐的软件。这里为大家推荐一款国人开发的三代数据SV检测软件—cuteSV。该...

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  • 星莓
  • 发布于 2023-04-28 14:14
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使用vcftools对vcf文件做滑窗处理

使用vcftools对vcf文件做滑窗处理

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  • 安生水
  • 发布于 2023-04-26 10:13
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统计每个窗口内SNP变异位点数量

统计每个窗口内SNP变异位点数量

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  • 安生水
  • 发布于 2023-04-07 16:20
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linux使用ossutil下载阿里云数据

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  • 星莓
  • 发布于 2023-03-31 16:30
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muscle新版,旧版使用的一些差别

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从fasta基因组中提取反向互补序列

从fasta基因组中提取反向互补序列,借助bedtools工具。 bedtools getfasta -fi Dlong_asm_chr.fasta -bed DlNIP.bed -s -fo DlNIP.bed.fa -fi 基因组文件     -bed 基因位置 共6列:【染色...

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  • rzx
  • 发布于 2023-02-27 14:22
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叶绿体基因组四个区边界作图——irscope:本地化及使用教程(2023.02)

大部分植物的叶绿体基因组具有典型的四分体结构,即由LSC、SSC以及一对IR区域构成,IR和SSC区域的收缩与扩张是常见的进化事件。通过irscope工具可以将多个物种叶绿体的区域边界进行可视化对比...

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  • 星莓
  • 发布于 2023-02-15 15:53
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对vcf文件排序

对vcf文件排序

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  • 安生水
  • 发布于 2023-02-13 14:56
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GenotypeGVCFs 运行速度慢解决方法

GenotypeGVCFs 运行速度慢解决方法

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  • 安生水
  • 发布于 2023-02-07 11:44
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MISA(在线)注释叶绿体基因组SSR

SSR (Simple Sequence Repeat),即简单重复序列,是一种以PCR技术为核心的DNA分子标记技术,也称为微卫星序列或者串联重复。

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  • 星莓
  • 发布于 2023-02-06 11:04
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保姆式教程!手把手教你使用Simplot,绘制高大上的序列相似性图片

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Win11怎么关闭Hyper-V?关闭Hyper-V的2种方法

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Win11彻底卸载WSL2系统(去除导航窗格Linux图标)

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基于WSL2的docker更改存储位置

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bwa-mem2的用法

bwa-mem2( https://github.com/bwa-mem2/bwa-mem2 )

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  • xun
  • 发布于 2023-01-11 13:07
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motif分析及meme的各项参数

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将fasta序列多行变单行——使用 awk 或 seqkit 或 python

fasta序列多行变单行

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  • 星莓
  • 发布于 2022-12-26 16:03
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使用orthomcl分析同源基因时的 mysql数据库操作

使用orthomcl分析同源基因时的 mysql数据库操作

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  • 安生水
  • 发布于 2022-12-26 14:48
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win11/win10安装最新版本的docker

win11安装docker

BWA比对及Samtools提取mapped reads

筛选出能比对到参考序列的reads,形成新的fastq文件

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  • 星莓
  • 发布于 2022-12-20 14:27
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