软件工具 - 推荐的文章 - 第10页 - 组学大讲堂问答社区

bcftools创建vcf索引失败

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安生水
发布于 2024-03-18 13:44
阅读 ( 879 )

GFF或GTF格式转bed

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安生水
发布于 2024-03-14 14:02
阅读 ( 1196 )

使用bcftools文件提取vcf文件子集

1. 准备好要提取的染色体及位置信息文件id.list。文件示例如下： Chr1 11787600 11793521Chr1 30028805 30042382Chr1 54966087 54970283Chr1 57228272 ...

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rzx
发布于 2024-03-11 18:13
阅读 ( 3782 )

HISAT2比对时报错|(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL)

我有12个样本在进行HISAT2比对时有3个样本出现报错(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL) 运行脚本： hisat2 -p 10 --rg-id=L2 --rg SM:L2 --rg LB:L2 --rg PL:ILLUMINA -x iwgsc_re...

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rzx
发布于 2024-03-07 10:12
阅读 ( 1288 )

使用fastp软件对fastq文件进行剪切

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安生水
发布于 2024-02-22 17:33
阅读 ( 1392 )

vscode更新导致低版本系统无法登陆的问题

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xun
发布于 2024-02-02 14:24
阅读 ( 1275 )

lnd无法下载样本名称含有+的数据

linuxnd linuxnd是linux系统下载诺禾致源测序数据的软件，其基础功能如list、cp、cp -d 已经在这篇文章中给大家列出： https://www.omicsclass.com/article/2084 错误的产生该软件在遇到...

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Ti Amo
发布于 2024-01-31 10:52
阅读 ( 1047 )

代谢组数据上传NGDC！简单又快捷！

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安生水
发布于 2024-01-30 17:59
阅读 ( 4674 )

CLUMPAK安装

CLUMPAK这个软件很古老,安装起来也很麻烦,记录一下https://tau.evolseq.net/clumpak/download/CLUMPAK.zip 安装包下载路径解压以后添加库的位置到环境 export PERL5LIB=path/CLUMPAK:$PERL5LI...

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xun
发布于 2024-01-26 17:02
阅读 ( 1174 )

rMATS turbo使用

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安生水
发布于 2024-01-17 11:30
阅读 ( 1670 )

seqcluster软件安装

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安生水
发布于 2024-01-10 13:38
阅读 ( 1091 )

超快的文件传输软件trzsz

对于服务器而言,和本地的文件互相传输是家常便饭,scp虽然快速,但是毕竟要打很多字,有点麻烦,lrzsz十多年没跟新了,所以我推荐了这个软件trzsz用法和lrzsz差不多,也有额外的功能,有需要自己看帮助...

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xun
发布于 2024-01-09 10:56
阅读 ( 1142 )

LTR_HARVEST的并行软件LTR_HARVEST_parallel

在对基因组进行评估的时候，LAI是连贯性完整性的指标之一。目前经常使用的计算 LAI 的软件是 LTR_retriever，他并非是一个单一的工具，而是通过整合多个LTR预测软件的结果，过滤其中的假阳性LTR...

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Ti Amo
发布于 2024-01-04 14:29
阅读 ( 2392 )

BaiduPCS-Go上传经常出错

使用BaiduPCS-Go上传文件经常出现错误,检查一下版本直接使用软件自带的不一定下载成功 ,所以手动下载一下,这个版本直接解压就行,有需要的可以下一下,不需要编译了, BaiduPCS-Go-v3.9.5-li...

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xun
发布于 2024-01-02 15:54
阅读 ( 980 )

BLINK（C版本）进行 GWAS分析的教程

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星莓
发布于 2023-12-27 11:31
阅读 ( 3848 )

SURVIVOR工具进行结构变异结果文件的格式转换（bedtovcf）

结构变异结果文件格式转换工具——SURVIVOR

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每天学习一点点
发布于 2023-12-26 17:31
阅读 ( 1567 )

叶绿体或线粒体重复序列圈图绘制

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星莓
发布于 2023-12-18 17:12
阅读 ( 2548 )

ssh登陆报错

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安生水
发布于 2023-12-18 16:19
阅读 ( 1347 )

GATK|Timeout of 30000 milliseconds was reached while trying to acquire a lock on file raw.vcf.tmp.idx.

解决办法：https://www.omicsclass.com/article/2194 这里还有一个需要做的步骤，就是先将raw.vcf.tmp.idx文件找到并删除，一般情况下这个文件是空的。然后再在命令行中添加-disable_auto_in...

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rzx
发布于 2023-12-15 10:23
阅读 ( 1176 )

SURVIVOR合并单样品SV出错

在做SV、CNV变异检测时，会使用SURVIVOR将不用样品的vcf文件合并到一起，命令如下： ls *.max.vcf >sample_files && /share/work/biosoft/SURVIVOR/SURVIVOR/Debug/SURVIVOR merge...

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安生水
发布于 2023-12-13 13:51
阅读 ( 1824 )