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绘制HIC热图

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  • 安生水
  • 发布于 2023-10-25 10:42
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Bowtie2使用方法与参数详细介绍

对参考序列构建indexbowtie2-build genome.fasta index尝试使用前10000个reads进行比对bowtie2 -u 10000 -p 8 -x index -1reads1.fq -2 reads2.fq -S out.sam使用8个线程进行比对bowtie2 -p 8...

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  • rzx
  • 发布于 2023-10-18 17:58
  • 阅读 ( 1747 )

近期常用命令记录——比对并提取fq，ncbi下载并转化为fq，序列提取等

记录近期常用命令

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  • 星莓
  • 发布于 2023-10-18 13:37
  • 阅读 ( 1026 )

R包 CandiHap 进行单倍型分析

CandiHap是一款应用于全基因组关联分析（GWAS）后，快速分析基因单倍型来鉴定候选基因的一款友好软件。研究者可通过该软件对单个基因，或者对GWAS显著关联位点LD范围内所有基因进行单倍型分析，发现与性状显著关联的单倍型和候选基因。

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  • Ti Amo
  • 发布于 2023-10-16 15:30
  • 阅读 ( 2951 )

使用picard对参考序列建索引时报错“java.lang.IllegalArgumentException: File is not a supported reference file type”

报错：Caused by: java.lang.IllegalArgumentException: File is not a supported reference file type

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  • rzx
  • 发布于 2023-10-13 10:53
  • 阅读 ( 885 )

叶绿体/线粒体散在重复序列注释——REPuter

REPuter可注释叶绿体重复序列，包括4种类型，Forward（F）, Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P)。 REPuter 是可在线注释， 详情可参考文献  REPuter: the manifold applications of...

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  • 星莓
  • 发布于 2023-10-11 15:30
  • 阅读 ( 3619 )

运行Linux版本ProteoWizard中的chainsaw工具时报错

chainsaw工具，用于预测蛋白序列的酶切结果 运行命令： chainsaw test.fasta 报错： locale::facet::_S_create_c_locale name not valid 解决： 在当前环境中运行命令 export LC_ALL=C;...

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  • rzx
  • 发布于 2023-09-27 15:02
  • 阅读 ( 688 )

EndHiC绘制HIC热图

EndHiC绘制HIC热图

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  • 安生水
  • 发布于 2023-09-26 17:25
  • 阅读 ( 1232 )

GATK报错：Could not find walker with name: VariantFiltration

在使用GATK软件的时候出现报错 命令行： /share/work/biosoft/java/latest/bin/java -XX:ParallelGCThreads=5 -Xmx50g -Djava.io.tmpdir=/share/nas5/renzx/project/zx-20230821-248_noref_...

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  • rzx
  • 发布于 2023-09-21 14:57
  • 阅读 ( 1140 )

blastn使用方法及结果详解

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  • 星莓
  • 发布于 2023-09-20 15:19
  • 阅读 ( 3330 )

Seqkit，一款好用的蛋白质翻译软件

使用Seqkit进行核苷酸到蛋白质序列的转换

Screen：命令行下的多窗口管理器

简介 GNU Screen 是一个全屏窗口管理器，允许用户在一个物理终端上运行多个会话。每个会话都拥有独立的窗口，而窗口内则可以运行 shell 或其他程序。Screen 在远程工作、长时间运行的任务、多...

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  • xun
  • 发布于 2023-09-19 10:56
  • 阅读 ( 653 )

ls常用参数及ls只列出部分目录或文件

ls 只列出部分目录或文件

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  • 星莓
  • 发布于 2023-09-13 14:36
  • 阅读 ( 1012 )

电脑安装Linux系统后配置网口及NFS 服务手动挂载文件

电脑安装Linux系统后配置网口及NFS 服务手动挂载文件

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  • 安生水
  • 发布于 2023-09-13 13:03
  • 阅读 ( 1141 )

Rocky 9.1电脑安装

Rocky 9.1电脑安装

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  • 安生水
  • 发布于 2023-09-13 09:32
  • 阅读 ( 1171 )

Linux批量修改文件名

对于在Linux中修改文件名的方式一般我们会用mv命令进行修改，但是mv命令是无法处理大量文件修改名称。 在处理大量文件的时候该如何进行批量修改呢？ 方法一：mv配合for循环方式进行修改 方法二：sed命令 方法三：rename命令

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  • 星莓
  • 发布于 2023-09-06 15:02
  • 阅读 ( 801 )

Proteus R软件包安装

Proteus R软件包安装

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  • 安生水
  • 发布于 2023-09-05 10:55
  • 阅读 ( 687 )

Linux里安装Maxquant

Linux里安装Maxquant

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  • 安生水
  • 发布于 2023-08-28 11:43
  • 阅读 ( 1409 )

素材需求：两个提供精美生物插图的网站推荐！

https://biorender.com/ https://smart.servier.com/

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  • 星莓
  • 发布于 2023-08-25 13:28
  • 阅读 ( 1390 )

Maxquant报错

在使用最新版本Maxquant（MaxQuant 2.4.3.0）进行蛋白质搜库的时候，点击开始之后，会弹出一个弹窗，如下： 提示.NET Core SDK需要更新。 .net core 3.1更新教程： 进入下载网址：https://do...

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  • rzx
  • 发布于 2023-08-24 11:54
  • 阅读 ( 1980 )