sort按科学计数法排序
在使用linux中的sort命令排序时，免不了有p值是科学计数法的情况 可以使用-g参数来对科学记数法的值进行排序，而且默认是从小到大排序。 以下是其他常用参数：
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- 星莓
- 发布于 2023-07-19 13:37
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星莓
pip_search，pip search 的替代品
pip search 崩溃以后，各种payhon模块和软件的管理变得异常困难不过还是有一些不错的替代品的
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- xun
- 发布于 2023-07-10 10:00
- 阅读 ( 1276 )
xun
安生水
GATK报错| this implies a problem with the file locking support in your operating system
##### ERROR MESSAGE: Timeout of 30000 milliseconds was reached while trying to acquire a lock on file raw.vcf.tmp.idx. Since the GATK uses non-blocking lock acquisition calls that...
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- rzx
- 发布于 2023-07-03 10:10
- 阅读 ( 1462 )
rzx
Seqtk | 一个快速处理FASTA和TASTQ文件的工具
Seqtk工具地址：https://github.com/lh3/seqtk Seqtk工具命令： 操作举例： 01. 将FASTQ格式文件转换成FASTA格式； seqtk seq -a in.fq.gz > out.fa 02. 将FASTQ（Illumina 1.3+）格式...
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- rzx
- 发布于 2023-06-26 14:20
- 阅读 ( 4239 )
Rush：一款强大的Linux并行任务执行工具
Rush（Rapid Utilities SHell）是一款强大的并行任务执行工具，专门设计用于在Linux或Unix环境中进行批处理任务。该工具的设计初衷是为了使并行处理和任务管理变得更为简洁明了，同时具备灵活性...
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- xun
- 发布于 2023-06-20 14:15
- 阅读 ( 2025 )
提取 VCF 文件中的基因型信息
VCF 是一种常用的生物信息学文件格式，用于存储基因组中的遗传变异数据，特别是单核苷酸多态性（SNP）和小插入/缺失（Indel）等变异。 VCF 文件通常由文本格式组成，可以用文本编辑器进行查看...
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- 星莓
- 发布于 2023-06-15 15:59
- 阅读 ( 6326 )
csvtk，A powerful software for handling CSV files
CSVTK，即CSV工具包，是一个用于处理逗号分隔值（CSV）文件的实用命令行程序。由于其简单性、灵活性和效率，对于经常处理CSV文件的人来说，特别是在数据科学、生物信息学以及任何需要数据分析的...
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- xun
- 发布于 2023-06-08 09:54
- 阅读 ( 1361 )
运行命令makeblastdb建库时报错，生成pdb-lock 空文件。
运行命令makeblastdb -in all.pep.fa -dbtype prot -title all.pep.fa 时卡住报错，生成all.pep.fa.pdb-lock 空文件。 解决：makeblastdb 工具版本问题，从2.13.0版本改成2.6.0版本，就可以...
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- rzx
- 发布于 2023-06-05 15:20
- 阅读 ( 1457 )
blastn使用教程及结果详解
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具，直接输入fasta格式的序列文件就可进行比对
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- 星莓
- 发布于 2023-05-29 14:49
- 阅读 ( 5850 )
python2运行lefse软件的时候报错
使用python2运行lefse软件的时候报错这是因为当前LEfSe依赖的R包rpy2的版本与你的R版本不兼容，你可以尝试更新一个rpy2的小版本，比如我更新了 pip2 install rpy2==2.8.6 随后就可以直接使用...
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- xun
- 发布于 2023-05-12 18:06
- 阅读 ( 889 )
很大的压缩文件计算行数
这个其实很多办法都可以做到，基本就是靠zcat后接awk，sed，或者wc命令，不过速度差强人意，比如这个 awk应该是这几个里最快的，但一个3个G左右的文件仍然运行了接近2分钟，考虑到还有几个30个...
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- xun
- 发布于 2023-05-05 15:22
- 阅读 ( 827 )
