GEO在线分析工具--GEO2R进行基因差异表达分析
GEO2R是GEO在线分析工具，基于此工具可以对部分GEO样品数据进行基因差异表达分析。
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- Daitoue
- 发布于 2018-06-21 17:19
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Daitoue
生信老顽童
Excel数据分析技巧之双因素方差分析
>>方差分析之双因素方差分析 小编在节前做过一期使用excel表进行单因素方差分析的推送，反响不错，小编也颇受鼓舞！但是，在许多情况下，单因素方差分析已经不能满足实际分析的需要。比...
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- 生信老顽童
- 发布于 2018-06-20 10:29
- 阅读 ( 6145 )
如何按照影响因子筛选文章--PubMed文献搜索技巧
PubMed文献搜索的一个实用技能--如何按照影响因子进行筛选文章？
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- 生信老顽童
- 发布于 2018-06-20 10:18
- 阅读 ( 21048 )
GSEA分析需要的文件及格式
在作芯片数据或者是转录组数据的GSEA分析时候，需要四个文件： 1、基因表达数据文件； 2、表型数据文件； 3、功能基因集文件； 4、芯片注释文件； 这四个文件只需要分析者提供前两个文件即...
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- landy
- 发布于 2018-06-14 15:11
- 阅读 ( 22552 )
landy
绘制基因结构图软件GSDS使用过程中图片的修改问题
在使用GSSE绘制基因结构或者是顺势作用元件时，如果图例太多，在网页展示不出来，这个时候你需要对图片进行修改.增大背景画布就可以显示了，点击下图红色箭头所指按钮，进入到图片编辑界面: 拉...
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- landy
- 发布于 2018-06-14 14:48
- 阅读 ( 11836 )
一个预测基因保守结构域网站
今天跟大家分享一个分析蛋白保守结构域的的网站： 网址：http://www.ebi.ac.uk/interpro/ 在上图的方框导入蛋白序列，点击submit，就开始运行，结果如下图所示： 这个网站不仅分析了蛋白的保...
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- landy
- 发布于 2018-06-08 18:06
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omicsgene
提取bam/sam文件指定区域reads
若想要从sam或bam文件中提取指定区域内的reads，可以使用samtools和bedtools来实现。 首先准备一个区域信息文件。region.bed #第一列为染色体ID，第二三列分别为起始终止位置 ...
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- 安生水
- 发布于 2018-05-18 09:34
- 阅读 ( 14829 )
安生水
blast序列比对中E值是什么意思？
E value——E（Expect）值，表示随机匹配的可能性。E值越大，随机匹配的可能性也越大。E值接近零或为零时，具本上就是完全匹配了 E-value - this tells you the probability of getting this sco...
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- landy
- 发布于 2018-05-17 10:45
- 阅读 ( 18133 )
MCScanX 安装报错，支持64位系统
今天有学员问 MCScanX 安装问题，我试了下，果然有错误。 make报错： g++ struct.cc mcscan.cc read_data.cc out_utils.cc dagchainer.cc msa.cc permutation.cc -o MCScanX msa.cc: In fun...
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- omicsgene
- 发布于 2018-05-16 21:20
- 阅读 ( 8590 )
如何快速获取多条序列长度信息
如何快速知道你的多个序列的长度呢？这里还是分享一个虚拟机的bio-linux的工具，samtools。命令行格式：samtools faidx xulie.fa(你的序列文件)结果会生成一个 xulie.fa.fai文件，也是就是在...
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- landy
- 发布于 2018-05-11 11:31
- 阅读 ( 3819 )
如何将基因组的注释文件gff转化成基因的注释文件gtf
在做分析的时候，有时候我们需要将gff文件转化为gtf，如何转化呢？ 这里有一个小工具，虚拟机的bio-linux自带不需要安装，就是gffread： 命令行格式：gffread gff文件 -T -o gtf文件，...
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- landy
- 发布于 2018-05-11 10:55
- 阅读 ( 6755 )
pfam上不去 打开后搜索没有反应
pfam打开不了解决办法，Pfam这个主页里，这些搜索项目点击没有反应，是咋回事呢
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- omicsgene
- 发布于 2018-05-09 08:33
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利用NCBI和Pfam数据库查找基因家族保守结构域相关信息
相近功能基因的检索方法，如何利用pfam数据库下载隐马尔科夫hmm文件。
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- landy
- 发布于 2018-04-23 14:05
- 阅读 ( 53035 )
获取MOTIF 位置信息矢量图
MEME(Motif-based sequence analysis tools)大家都很了解，是搜索DNA或者蛋白质的motif常用工具，结果输出一般是有四个文件，motif的图形展示文件（LOGO），txt文本，html的网页信息文件及xml...
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- landy
- 发布于 2018-04-22 21:05
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一键搞定批量序列提取TBtools！
用基因ID提取其序列很简单，ctrl+F找到ID对应的序列，ctrl+C、ctrl+V就好了，少量基因的还OK，但是如果有几百个甚至上千个ID,手指会不会很酸爽？ 这里墙裂推荐一个软件，功能很强大，就是TBtoo...
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- landy
- 发布于 2018-04-22 19:08
- 阅读 ( 33415 )
分分钟教你绘制基因结构图！GSDS
今天介绍一款在线绘制基因结构的工具Gene Structure Dispaly Server，简单好用功能还挺强大。运用它能够绘制清晰的基因结构，清晰明了地展示外显子、内含子及UTR的位置。还可以联合其他数据绘制...
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- landy
- 发布于 2018-04-22 18:59
- 阅读 ( 70624 )
