叶绿体或线粒体重复序列圈图绘制
ssh登陆报错
解决办法:https://www.omicsclass.com/article/2194 这里还有一个需要做的步骤,就是先将raw.vcf.tmp.idx文件找到并删除,一般情况下这个文件是空的。 然后再在命令行中添加-disable_auto_in...
在做SV、CNV变异检测时,会使用SURVIVOR将不用样品的vcf文件合并到一起,命令如下: ls *.max.vcf >sample_files && /share/work/biosoft/SURVIVOR/SURVIVOR/Debug/SURVIVOR merge...
在生信分析时,经常会做一下蛋白多序列比对。对于比对结果中,一些不保守的列,我们可以选择剪切掉。再进行之后的分析,比如构建进化树,进化树的构建会容易很多。 剪切序列时有一个非常好用的...
break报错
gatk报错 An index is required but was not found for file drivingVariantFile。 bcftools报错 index: the file is not BGZF compressed, cannot index
TRF网站是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件,无需安装,使用简单方便,同样适用于细胞器基因组的串联重复序列鉴定。 https://tandem.bu.edu/trf/trf.html
cytoscape安装报错:No JVM could be found on your system,通常是由于不适配的java版本
circos圈图绘制时所有的修改参数都是基于配置文件config.txt。 想要让不同染色体之间区块显示不同颜色。可以修改config.txt中rule参数: <link> #全基因组共线性 bezier_radius=0r...
打开GeneDoc软件,输入序列之后,序列顺序是输入文件中序列的顺序。如图: 这种情况下想使序列按照ID进行排序的话,应选择菜单栏中“Sequence List”选项,如图【S】: 在弹出界面选择<Sort...
问题: 在用BWA进行序列比对时出现:[mem_sam_pe] paired reads have different names: "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:2582:12633:UMI_AAT_GTA", "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:1624:12633:UMI...
seqkit计算基因组大小
screen技巧
使用NCBI自带的工具实现蛋白序列的批量下载
代码介绍
基因组组装过程中会得到草图的scaffold,需要进一步进行gaps的关闭。TGS-gapcloser 是华大基因开发的,一个利用其他组装或是长度长测序数据对草图进行gap填充的一款软件。
RagTag是一个集合功能的软件可以用来构建scaffold、提升基因组组装质量