R语言基础入门—数据结构(1)

R语言基础入门—数据结构(1)

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  • 安生水
  • 发布于 2024-11-12 17:50
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HiC-Pro 报错检索解决

报错: 运行HiC-Pro的时候出现报错: 去看log文件发现: 只能知道是在比对的step1就出现了问题。 问题查找: 此时我们需要去HiC-Pro的scripts文件夹下面去查看Makefile这个文件,看一...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-10-28 15:12
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IF=13.8 | 青藏高原人群肠道微生物生物标志物的荟萃分析及微生物群衍生的丁酸盐在高海拔适应中的功能

“ 2023年9月 BMC (BioMed Central)发表了一篇题为“Meta-analysis identifying gut microbial biomarkers of Qinghai-Tibet Plateau populations and the functionality of microbiota-derived b...

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  • xun
  • 发布于 2024-11-12 18:10
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甲基化水平计算

甲基化水平计算

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  • 安生水
  • 发布于 2024-11-21 14:20
  • 阅读 ( 288 )

R语言基础入门—数据结构(2)

R语言基础入门—数据结构(2)

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  • 安生水
  • 发布于 2024-11-12 17:55
  • 阅读 ( 280 )

空间转录组数据读取

10x公司的空间转录组的数据一般有两种获取方式,第一是手里直接拿到有matrix和img文件(当然还需要对应的barcord和json等辅助文件),第二是公司直接提供或者从网络上下载到的原始数据,fq文件,那我...

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  • xun
  • 发布于 2024-11-13 16:56
  • 阅读 ( 279 )

Linux三剑客之grep-文件中的信息捕获

在Linux系统中,grep(Global Regular Expression Print)是一个用于在文本文件中搜索字符串或正则表达式的命令行工具。它可以有效地查找包含特定模式的行,并将其打印出来。今天,我们结合以下...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-11-12 17:36
  • 阅读 ( 278 )

单细胞分析绘制marker基因展示图时如何设置细胞排布顺序

基因展示图时如何设置细胞排布顺序

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  • omicsgene
  • 发布于 2024-10-29 09:47
  • 阅读 ( 275 )

scanpy 中 ScTransform分析:

scanpy 中 ScTransform分析:

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  • omicsgene
  • 发布于 2024-11-20 08:23
  • 阅读 ( 261 )

eQTL分析之协变量计算

准备eQTL分析的协变量文件

R公式中如何加入变量

expression()函数是没办法同时代入公式和变量,这个时候我们可以使用另一个函数来替代——bquote()

seqkit | 对fa序列文件中序列长度进行筛选

seqkit seq -m 50 XX.fa > XX1.fa 将XX.fa文件中序列长度低于50的序列删除

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  • rzx
  • 发布于 2024-11-19 19:01
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docker 镜像重命名/更改版本号

介绍如何修改已经load的镜像的镜像名/版本号

IF=13.8 | 甘油/二醇脱水酶是后肠发酵食肉动物肠道微生物群的关键功能

“ 2024年9月 BMC (BioMed Central)发表了一篇题为“Trait-based study predicts glycerol/diol dehydratases as a key function of the gut microbiota of hindgut-fermenting carnivores(Saccha...

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  • xun
  • 发布于 2024-11-13 10:44
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R 安装github包报错:

R 安装github包报错:

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  • omicsgene
  • 发布于 2024-11-18 15:42
  • 阅读 ( 225 )

exFAT格式的硬盘挂载问题

我们在挂载ntfs格式的硬盘的时候,一般可以正常使用linux命令,不会有啥问题,但是如果硬盘格式是exFAT,会发现有很多问题,比如权限不能改 如何判断自己的硬盘的格式?比如位置在/dev/sdb2,用以下代...

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  • xun
  • 发布于 2024-11-11 17:22
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IF=4.3 | 秋茄树SOS1基因家族分析

“ 2024年8月《BMC Plant Biology》发表了一篇题为“SOS1 gene family in mangrove (Kandelia obovata): Genome-wide identification, characterization, and expression analyses under salt and...

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  • rzx
  • 发布于 2024-12-04 10:11
  • 阅读 ( 197 )

annovar的染色体识别问题

如果是非数字形式的染色体编号(尤其是其中有特殊字符),annovar的注释可能会有问题,需要改成数字格式

linux 编码转换

在linux里面编辑二进制文件有以下两种方法: 1. vim 打开二进制文件: vim -b 文件 将内容转换成16进制: :%!xxd 转换回来: :%!xxd -r  2. iconv  # 将UTF-8编码的wx.txt文件转换为GB...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-12-03 14:56
  • 阅读 ( 150 )

ImportError: pycurl: libcurl link-time ssl backend (nss) is different from compile-time ssl backend (none/other)

ImportError: pycurl: libcurl link-time ssl backend (nss) is different from compile-time ssl backend (none/other)

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  • omicsgene
  • 发布于 2024-11-29 15:30
  • 阅读 ( 139 )