基因组组装过程中会得到草图的scaffold,需要进一步进行gaps的关闭。TGS-gapcloser 是华大基因开发的,一个利用其他组装或是长度长测序数据对草图进行gap填充的一款软件。
抗体是一种由B淋巴细胞或浆细胞产生的免疫球蛋白,它在人体免疫系统中扮演着重要的角色。抗体能够识别并结合抗原,从而启动补体级联反应或通过Fc段与效应细胞结合,引发免疫应答。抗体由轻链(L)和重链(H)组成,每条链都分为恒定区(C)和可变区(V)。可变区(V)负责识别和结合抗原,恒定区(C)则与抗体的效应功能相关。其中,Fab段是抗体的抗原结合片段,具有高亲和力和特异性,是抗体发挥生物学功能的重要部分。
杂交瘤技术是一种将B淋巴细胞与骨髓瘤细胞融合生产单克隆抗体的传统方法。该技术通过将动物脾细胞与骨髓瘤细胞融合,产生永生化杂交瘤细胞系,然后筛选其上清液中的抗原特异性克隆,并进一步循环亚克隆以产生严格的单克隆抗体。 利用杂交瘤技术制备单克隆抗体通常操作流程为:抗原制备、抗原免疫动物、杂交瘤细胞制备、融合细胞的筛选、培养杂交瘤细胞制备抗体。在单克隆抗体制备过程中,常常会遇到细胞污染,细胞融合后不生长、亚克隆后的细胞株不分泌抗体以及细胞难以克隆等问题,本文将详细分析以上常见问题的产生原因以及解决该问题的方法。
单细胞RNA速率(RNA velocity)分析结果解读
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基因定位在动植物研究中非常重要,利用遗传图谱很多科学家定位了重要作物的重要农艺性状,例如克隆水稻分蘖基因 MOC1 的李家洋院士团队,克隆了水稻粒重基因 GW2 的林鸿宣院士团队……,还有数以...
Cytoscape 是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。它的核心是提供基础的功能布局和查询网络,并依据基本的数据的结合成可视化网络。
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对e-value值的by chance 进行解释
叶绿体或线粒体重复序列圈图绘制
组学大讲堂作为专业的生信培训机构,截止到今天,共计发布60+门生物信息视频教程,涵盖基因组分析、群体研究、转录调控、癌症数据库挖掘、微生物研究、生信基础(Linux、Python、R、Perl)等方...
TRF网站是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件,无需安装,使用简单方便,同样适用于细胞器基因组的串联重复序列鉴定。 https://tandem.bu.edu/trf/trf.html
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通常进行SNP calling的之前我们需要对比对的bam文件进行排序、去重等工作,在这里介绍几种sort bam的方法。 1. 按照比对位置进行排序 sambamba比samtools快很多,samtools和sambamba默认按...
不同的重组蛋白具有不同的氨基酸序列和空间结构,导致其物理、化学和生物学特性存在差异。我们也可以根据目标蛋白与其他蛋白和裂解液的性质差异设计合理的蛋白纯化方案。
在基因组组装过程中,我们常常碰到一些复杂的基因组,例如高杂合度、高重复、多倍体或者是基因组本身庞大等情况,而一般大基因组都是伴随着高重复和多倍体的。对于高重复,最佳的方案是测序读长...
在对基因组进行评估的时候,LAI是连贯性完整性的指标之一。目前经常使用的计算 LAI 的软件是 LTR_retriever,他并非是一个单一的工具,而是通过整合多个LTR预测软件的结果,过滤其中的假阳性LTR...
哺乳动物细胞表达系统具有促使蛋白正确折叠和实现复杂修饰的功能,表达的蛋白更近天然状态,能够运用于制药等活性要求高的领域。利用哺乳动物细胞表达系统生产蛋白通常有两种方式:瞬时转染与稳定转染(构建稳定细胞系),这两种方式在原理、操作流程、应用场景上均有所区别,本文主要就瞬时转染与稳定转染之间的区别做一介绍。
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