遗传图构建-SNP标记分型

遗传图构建-SNP标记分型

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  • omicsgene
  • 发布于 2024-04-17 09:07
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HISAT2比对时报错|(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL)

我有12个样本在进行HISAT2比对时有3个样本出现报错(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL) 运行脚本: hisat2 -p 10 --rg-id=L2 --rg SM:L2 --rg LB:L2 --rg PL:ILLUMINA -x iwgsc_re...

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  • rzx
  • 发布于 2024-03-07 10:12
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awk正则表达式使用外部变量

awk正则表达式使用外部变量

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  • omicsgene
  • 发布于 2024-02-04 11:35
  • 阅读 ( 1106 )

R| set.seed()作用使随机结果具有复现性

例如在R语言中,rnorm()函数为随机生成多个随机数,每次使用都会得到不同的结果 > rnorm(3) [1] -2.0235077 0.3552526 0.6239982 > rnorm(3) [1] 1.101044 -1.297740 1.717356 如...

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  • rzx
  • 发布于 2024-02-19 14:26
  • 阅读 ( 1097 )

sort: write failed: /tmp/sort0JADkd: No space left on device报错

sort: write failed: /tmp/sort0JADkd: No space left on device报错

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  • 安生水
  • 发布于 2024-04-12 10:29
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htop查看程序的io占用

传统的top大家都用的很多,但是top里不会显示磁盘io,而在我们服务器里,磁盘高io往往才是程序运行的瓶颈 新版 的htop新增了io 的查看,读写过高对应选项会变成红色,方便我们查看,除此之外htop还有...

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  • xun
  • 发布于 2024-04-25 11:03
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CLUMPAK安装

CLUMPAK这个软件很古老,安装起来也很麻烦,记录一下https://tau.evolseq.net/clumpak/download/CLUMPAK.zip 安装包下载路径解压以后添加库的位置到环境 export PERL5LIB=path/CLUMPAK:$PERL5LI...

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  • xun
  • 发布于 2024-01-26 17:02
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qsub任务投递系统的常用命令 SGE任务调度

qsub全称为”Queue Submitter”,是Sun Grid Engine (SGE)集群管理软件中的一个命令行工具。它的主要作用是将用户提交的任务加入到队列中,等待计算节点执行。qsub可在Unix/Linux等操作系统下使用...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-06-26 17:54
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ftp链接登陆下载文件

我们进行文件下载的时候通常可以直接通过网页的download或者是服务器的wget命令,但是是一个需要登陆的ftp地址,这两个方法就不太适用了,本文提供给大家一些ftp地址的登陆方法。 1. 个人电...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-01-08 10:41
  • 阅读 ( 1048 )

GFF或GTF格式转bed

GFF或GTF格式转bed

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  • 安生水
  • 发布于 2024-03-14 14:02
  • 阅读 ( 1036 )

超快的文件传输软件trzsz

对于服务器而言,和本地的文件互相传输是家常便饭,scp虽然快速,但是毕竟要打很多字,有点麻烦,lrzsz十多年没跟新了,所以我推荐了这个软件trzsz用法和lrzsz差不多,也有额外的功能,有需要自己看帮助...

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  • xun
  • 发布于 2024-01-09 10:56
  • 阅读 ( 1035 )

make Cladogram with microbiomemarker

给大家介绍一个R包用于绘制Cladogram,直接附上代码: if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) { install.packages("BiocManager")}​BiocManager::install("microbiomeMark...

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  • xun
  • 发布于 2023-12-28 11:11
  • 阅读 ( 1025 )

DockerHub镜像无法下载的解决方案

DockerHub镜像无法下载的解决方案

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  • omicsgene
  • 发布于 2024-08-30 16:31
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绘制venn图报错Unexpected parameter length for "category"

在进行韦恩图绘制的时候出现报错: 出现这个报错的原因是在输入数据应当是一个有名字的list,要求是这个list中的每个元素都有名字。 venn <- list(A,B,C)names(venn) <- c("A","B",...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-03-01 17:25
  • 阅读 ( 1017 )

seqcluster软件安装

seqcluster软件安装

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  • 安生水
  • 发布于 2024-01-10 13:38
  • 阅读 ( 1014 )

bcftools建索引报错:Chromosome blocks not continuous

bcftools建索引时报错“染色体区段不连续”

topGO报错

在r包topgo里面绘制node图的函数是showSigOfNodes(),其中提供的第二个参数不能有0,否则会报错: showSigOfNodes()拆分之后是: sampleGOdata和score(resultKS.elim)是提供给函数的       ...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-01-22 11:51
  • 阅读 ( 1001 )

linux复制软连接的源文件

直接使用cp拷贝一个软连接,就只能得到一个软连接 但如果有的时候我们需要将软连接指向的文件复制到本地,就可以用到-L参数 其中-L是复制源文件,-l则是创建一个硬链接,注意别用错了

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  • xun
  • 发布于 2024-04-22 13:20
  • 阅读 ( 985 )

批量下载多个链接的文件

对象存储(Cloud Object Storage,COS)是由腾讯云推出的无目录层次结构、无数据格式限制,可容纳海量数据且支持 HTTP/HTTPS 协议访问的分布式存储服务,具有高扩展性、低成本、可靠安全等优点...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-02-21 14:00
  • 阅读 ( 982 )

使用compare_means()t.test进行显著性检验时报错

compare_means()函数进行t.test时报错——“not enough 'x' observation”