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单细胞转录组数据挖掘流程记录-非小細胞肺癌（NSCLC）(GSE127465)

单细胞转录组数据挖掘流程记录-癌（NSCLC）(GSE127465)

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omicsgene
发布于 2024-07-24 11:11
阅读 ( 829 )

RunUMAP函数报错,

执行降维分析的函数,umpa的时候报错 brain <- RunUMAP(brain, reduction = "pca", dims = 1:30) 报错信息如下: Error in irlba::irlba(L, nv = n, nu = 0, maxit = iters) : function '...

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xun
发布于 2024-07-25 14:15
阅读 ( 823 )

单细胞转录组数据挖掘流程记录-肝细胞癌（HCC）(GSE149614)

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omicsgene
发布于 2024-07-23 10:33
阅读 ( 816 )

R语言中%>% 作用

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安生水
发布于 2024-09-02 14:24
阅读 ( 815 )

MarkDuplicates (GATK)报错：打开的文件句柄过多(Too many open files)

使用GATK对bam文件进行去重操作的时候发现报错了

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每天学习一点点
发布于 2024-02-21 14:29
阅读 ( 796 )

IF=5.7 | 转录组数据揭示类风湿关节炎的临床诊断模型

“ 2024年6月Frontiers in immunology 杂志发表了一篇题为Integrated analysis of single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, Mendelian randomization, and eQTL reveals T cell-related nomogram mo...

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rzx
发布于 2024-07-30 15:50
阅读 ( 788 )

从tar压缩文件夹中仅提取某一个目标文件

有时候我们需要从tar压缩文件夹中仅提取某个目标文件，如果对整个压缩文件进行解压的话，未免太占用空间和资源，我们可以使用如下命令进行操作

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每天学习一点点
发布于 2024-08-12 18:10
阅读 ( 785 )

qiime自带的alpha_diversity.py脚本报错

alpha_diversity.py -i some.biom -m observed_species,shannon,chao1,simpson,ace,goods_coverage 在运行时报错 File "/share/work/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-p...

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xun
发布于 2024-03-11 09:43
阅读 ( 785 )

TukeyHSD报错

Error in TukeyHSD.aov(., ...) : no factors in the fitted model Calls: %>% ... is.data.frame -> <Anonymous> -> TukeyHSD -> TukeyHSD.aov In addition: Warning mess...

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xun
发布于 2024-03-08 10:16
阅读 ( 762 )

基于 gff 文件构建 TxDb 包

TxDb 包是用 GenomicFeatures 包构建的，用于专门注释基因组中转录本、外显子、内含子等的包。如果是构建从 Ensembl 下载的参考基因组的 TxDb （transcript database）包，有两种构建方式，一...

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安生水
发布于 2024-05-15 16:41
阅读 ( 755 )

bcftools创建vcf索引失败

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安生水
发布于 2024-03-18 13:44
阅读 ( 754 )

R语言跑循环，如何跳过报错信息？

当使用循环跑R函数的时候，如果其中某一次循环执行时报错，那么就会中断循环体，并在屏幕上打印出报错信息

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每天学习一点点
发布于 2024-07-12 17:50
阅读 ( 753 )

空间转录组数据预处理

空间转录组简介空间转录组，顾名思义，是在转录组的基础上加上了空间位置信息。如果不借助空间的技术,我们的转录组一般是粉碎组织到细胞层级或者更低的rna碎片层级,而进行sc RNA或者Bulk...

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xun
发布于 2024-07-02 15:56
阅读 ( 753 )

利用vcftools分析玉米和大刍草基因组区域或基因区域是否受到选择

通过已经发表的玉米和大刍草基因组变异数据来计算感兴趣的基因组位置上，是否受到选择。主要是比较大刍草和玉米之间，该区间的多样性是否会下降，如果该区域内SNP的多态性下降，表明该区域内受到了选择。

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每天进步一点点
发布于 2024-04-04 10:59
阅读 ( 752 )

单细胞转录组数据挖掘流程记录-BRCA乳腺癌(E-MTAB-8107)

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omicsgene
发布于 2024-06-27 13:33
阅读 ( 749 )

svg2xxx运行报错

/share/work/biosoft/tools/distributing_svg_4.74/svg2xxx_release/svg2xxx all.KEGG.svg ./ -dpi 300 Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedOperationException: The Security Ma...