绘制全基因组甲基化图谱
单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE146771)
B细胞分类:
GenePred格式
TWAS(Transcriptome-wide Association Study)是一种用于研究基因表达和疾病之间关系的方法,通过对全基因组的基因表达数据进行统计分析,以识别与特定疾病或性状相关的基因表达变异。
biom格式的文件如果想要删除某个物种啥的,转换以后直接修改是不行的 先转化成tsv biom convert -i bak/feature_table_tax.biom -o feature_table_tax.tsv --to-tsv --header-key taxonomys l...
SCTransform在seuratv4的时候没问题,升级到v5的时候不工作,出现报错 > brain <- SCTransform(rep, assay = "Spatial", verbose = TRUE)Running SCTransform on assay: SpatialRunning SC...
有的文章会在模块化的群落里加上Convex Hull ,类似这样,如何实现呢,可以借助ggforce的geom_mark_hul 比如我们的示例代码稍作修改 library(ggforce) 主要是加了最后一行,的geom_mark_hull...
解决dbplyr和BiocFileCache不兼容导致eQTplot包绘图时报错的问题
R markdwon 代码块选项说明:
食管癌 10X多样本(GSE145370)
Scanpy数据结构:AnnData
单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE178341)
使用gtfToGenePred的命令和报错: gtfToGenePred -genePredExt Drosophila_melanogaster.BDGP6.46.57.gtf refFlat.tmp.txtDrosophila_melanogaster.BDGP6.46.57.gtf (GFF not supported by t...
非负矩阵分解(cNMF)
“ 2024年7月国际分子科学杂志(International Journal of Molecular Sciences)发表了一篇题为“ Genome-Wide Analysis of the Auxin/Indoleacetic Acid(Aux/IAA) Gene Family in Autopolyploid...
如果我们想要判断每个分组中是否存在元素>0,可以使用group_by()先对数据进行分组,然后使用filter函数结合any函数来判断每个分组是否满足特定条件并进行过滤。
如果数据测多了,我们可以使用seqtk对fastq文件进行随机抽样来减小分析的数据量。
libgomp.so.1: version `GOMP_4.5' not found 报错