绘制全基因组甲基化图谱

绘制全基因组甲基化图谱

  • 0
  • 0
  • 安生水
  • 发布于 2024-07-25 14:08
  • 阅读 ( 721 )

单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE146771)

单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE146771)

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2024-07-24 16:38
  • 阅读 ( 716 )

B/T细胞分类:

B细胞分类:

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2024-07-25 09:50
  • 阅读 ( 714 )

GenePred格式

GenePred格式

  • 0
  • 0
  • 安生水
  • 发布于 2024-06-11 15:46
  • 阅读 ( 714 )

TWAS分析的原理和工具

TWAS(Transcriptome-wide Association Study)是一种用于研究基因表达和疾病之间关系的方法,通过对全基因组的基因表达数据进行统计分析,以识别与特定疾病或性状相关的基因表达变异。

biom格式的文件如何转化

biom格式的文件如果想要删除某个物种啥的,转换以后直接修改是不行的 先转化成tsv biom convert -i bak/feature_table_tax.biom -o feature_table_tax.tsv --to-tsv --header-key taxonomys l...

  • 0
  • 0
  • xun
  • 发布于 2024-07-23 15:29
  • 阅读 ( 684 )

SCTransform ,Error: useNames = NA is defunct

SCTransform在seuratv4的时候没问题,升级到v5的时候不工作,出现报错 > brain <- SCTransform(rep, assay = "Spatial", verbose = TRUE)Running SCTransform on assay: SpatialRunning SC...

  • 0
  • 0
  • xun
  • 发布于 2024-07-25 15:37
  • 阅读 ( 664 )

add a Convex Hull with module

有的文章会在模块化的群落里加上Convex Hull ,类似这样,如何实现呢,可以借助ggforce的geom_mark_hul 比如我们的示例代码稍作修改 library(ggforce) 主要是加了最后一行,的geom_mark_hull...

  • 0
  • 0
  • xun
  • 发布于 2024-07-11 09:20
  • 阅读 ( 657 )

eQTplot包绘图报错解决:“Caused by error in `db_collect()`”

解决dbplyr和BiocFileCache不兼容导致eQTplot包绘图时报错的问题

R markdwon 代码块选项说明:

R markdwon 代码块选项说明:

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2024-06-08 15:25
  • 阅读 ( 654 )

食管癌 10X多样本(GSE145370)

食管癌 10X多样本(GSE145370)

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2024-08-22 16:48
  • 阅读 ( 653 )

Scanpy数据结构:AnnData

Scanpy数据结构:AnnData

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2024-10-11 15:42
  • 阅读 ( 643 )

单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE178341)

单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE178341)

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2024-07-25 11:01
  • 阅读 ( 640 )

gtfToGenePred报错

使用gtfToGenePred的命令和报错: gtfToGenePred -genePredExt  Drosophila_melanogaster.BDGP6.46.57.gtf refFlat.tmp.txtDrosophila_melanogaster.BDGP6.46.57.gtf (GFF not supported by t...

  • 0
  • 0
  • Ti Amo
  • 发布于 2024-06-13 11:47
  • 阅读 ( 639 )

非负矩阵分解(cNMF)

非负矩阵分解(cNMF)

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2024-09-24 18:11
  • 阅读 ( 630 )

IF=4.9 | 多倍体割手密IAA基因家族分析鉴定

​“ 2024年7月国际分子科学杂志(International Journal of Molecular Sciences)发表了一篇题为“ Genome-Wide Analysis of the Auxin/Indoleacetic Acid(Aux/IAA) Gene Family in Autopolyploid...

  • 0
  • 0
  • rzx
  • 发布于 2024-08-29 15:55
  • 阅读 ( 622 )

group_by()和any()连用判断每个分组中的元素是否满足特定条件

如果我们想要判断每个分组中是否存在元素>0,可以使用group_by()先对数据进行分组,然后使用filter函数结合any函数来判断每个分组是否满足特定条件并进行过滤。

用seqtk随机提取指定数目的序列

如果数据测多了,我们可以使用seqtk对fastq文件进行随机抽样来减小分析的数据量。

惊喜价!转录组299元/个

libgomp.so.1: version `GOMP_4.5' not found 报错

libgomp.so.1: version `GOMP_4.5' not found 报错

  • 0
  • 0
  • 安生水
  • 发布于 2024-08-22 15:05
  • 阅读 ( 615 )