omicsgene
从NCBI当中SRA数据库中下载高通量测序数据
用迅雷替代官方的prefetch批量下载SRA测序数据，更快更稳定！
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- omicsgene
- 发布于 2018-04-22 14:37
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sci-hub文献下载网站
学术界的“盗版女王”，哈萨克斯坦研究生兼女黑客亚历山德拉·埃尔巴克彦。文末附可用链接，再也不用担心下载不到文章了。
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- omicsgene
- 发布于 2018-04-22 14:26
- 阅读 ( 3225 )
phytozome植物基因组下载网站
今天主要介绍一下Phytozome网站基因组如何下载，通过blast查询多个物种中得同源基因，以及根据基因相关功能结构域等批量下载相关基因的CDS，PEP等序列信息；
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- omicsgene
- 发布于 2018-04-22 14:21
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红橙子
三代转录组，当前你不可忽视的研究手段
三代转录组几大法宝：全长转录本、鉴定异构体（Isoforms）、鉴定可变剪接、鉴定基因融合，长读长带来二代测序不可比拟的优势！
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- 红橙子
- 发布于 2018-04-22 12:11
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RNA测序阐释大豆产量调控网络和关键基因
研究方法： 1.选用两种种子大小有明显差异的大豆品种，分别在结种（S1）、种子生长(S2)和早期成熟(S3)三个阶段取样。 2.收集并处理S1时期的种子，使用显微镜观察这个时期两种大豆种子的特征。...
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- 安生水
- 发布于 2018-04-22 11:16
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安生水
RNA测序阐释大豆产量调控网络和关键基因
研究方法： 1.选用两种种子大小有明显差异的大豆品种，分别在结种（S1）、种子生长(S2)和早期成熟(S3)三个阶段取样。 2.收集并处理S1时期的种子，使用显微镜观察这个时期两种大豆种子的特征。...
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- 安生水
- 发布于 2018-04-22 11:15
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一条命令能解决多少数据处理问题？
继Linux生信入门，我们又出新课程啦！本期课程我们讲的是Linux命令的使用及怎么用来处理生物数据。
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- 安生水
- 发布于 2018-04-22 11:11
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轻松搞定fasta索引文件、序列提取
fasta是常用的序列存储格式，很多软件（如GATK、IGV等）在导入序列以及进行快速查找时通常需要建立索引文件。本文介绍如何使用 samtools 便捷的建立fasta文件的索引以及快速进行序列提取。
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- 安生水
- 发布于 2018-04-22 11:05
- 阅读 ( 8936 )
这种机器学习算法已经在微生物分析中成功应用
《Nature》发文证明了某种机器学习算法能够对微生物群落样本进行有效且准确的分类，并且可以找出能够区分组间差异的关键成分（OTU或物种）。本文介绍了该算法的实现形式和应用。
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- 安生水
- 发布于 2018-04-22 10:58
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怎么做一张好看的分类学树状图
在做微生物多样性分析时，经常会接触到分类学树状图。今天分享一款很不错的分类学组成信息可视化软件——GraPhlAn，用它生成的图会更好看哦！
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- 安生水
- 发布于 2018-04-22 10:55
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跨物种进化研究必备的‘单拷贝直系同源基因’如何查找
例用Orthomcl查找同源基因，并最终找到单拷贝的直系同源基因。
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- 安生水
- 发布于 2018-04-22 10:51
- 阅读 ( 13292 )
NCBI批量下载数据,省时又省力
对于从NCBI大批量的进行数据下载，手动操作无疑是一项沉重的工作，因此可以批量下载数据的方法十分必要。本文介绍如何实现这一方法及后续的一些数据处理方法。
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- 安生水
- 发布于 2018-04-22 10:47
- 阅读 ( 12421 )
正选择分析之 Site Models
作为常用的正选择分析方法，计算Ka/Ks方法较为严格。本文介绍利用Sites Model方法来分析正选择基因。
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- 安生水
- 发布于 2018-04-22 10:39
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生信老顽童
