外源插入流程报错运行不了
Orthofinder是做直系同源基因分析时常用软件,除此之外,还可以使用OrthoMCL,今天主要介绍Orthofinder软件的工作流程。 1. Orthofinder发表的工作流程如上图: 1.1 (a)将所有物种的...
VCF 是一种常用的生物信息学文件格式,用于存储基因组中的遗传变异数据,特别是单核苷酸多态性(SNP)和小插入/缺失(Indel)等变异。 VCF 文件通常由文本格式组成,可以用文本编辑器进行查看...
在linux中执行命令的时候,在程序命令行后加入&符,可以将命令放入后台执行且关闭shell不退出进程; 但如果一开始执行命令的时候没有加入&,后面发现命令执行时间很长,解决办法如下:...
再用hifiasm组装基因组时,线程数选择的100,但是后台只看见了10,这是怎么回事?docker会限制线程数吗?
安装gdal报错
ANNOVAR 基于gff中基因的位置简单注释
ggplot 柱状图,y轴从0 开始,最高柱子 留有余地代码:
有时候我们从NCBI下载SRA文件时会发现,会有SRA Lite和SRA Normalized两种类型的数据,前者后缀是.sralite,其文件大小也比原始的SRA文件要小。这两种数据的区别是什么呢?
R安装units包报错解决方法
疫情已经结束,暌违已久的组学大讲堂线下培训回归了!这个暑期,组学大讲堂为大家准备了丰富多样的培训课程。
CSVTK,即CSV工具包,是一个用于处理逗号分隔值(CSV)文件的实用命令行程序。由于其简单性、灵活性和效率,对于经常处理CSV文件的人来说,特别是在数据科学、生物信息学以及任何需要数据分析的...
umount -l /home 强行解除挂载
nfs的一个缺陷
运行命令makeblastdb -in all.pep.fa -dbtype prot -title all.pep.fa 时卡住报错,生成all.pep.fa.pdb-lock 空文件。 解决:makeblastdb 工具版本问题,从2.13.0版本改成2.6.0版本,就可以...
bedtools 对bed 文件进行排序
使用kraken2软件做宏基因组或扩增子项目物种注释项目的时候,如果后续不使用bracken则可能会遇到一个问题,结果生成的biom文件中taxonomy并不是最终结果,比如下面这样 可以用脚本来处理,删...
绘制多分组venn图时发现好多包都不支持,只能用原始的包,脚本如下 #!/share/work/biosoft/R/latest/bin/Rscriptargs <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)library(venn)library(VennDiagra...
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具,直接输入fasta格式的序列文件就可进行比对
计算RNASeq 的Power值