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基因组重复序列注释统计结果更新-buildRepeatSummary.pl

基因组重复序列注释统计结果更新-buildRepeatSummary.pl

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-04-28 18:12
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三代数据SV检测软件安装与使用——cuteSV

三代测序在检测基因组结构变异方面有着很大的优势，但是由于数据分析算法、软件还处于不断开发更新中，当前还没有公认推荐的软件。这里为大家推荐一款国人开发的三代数据SV检测软件—cuteSV。该...

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  • 星莓
  • 发布于 2023-04-28 14:14
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使用vcftools对vcf文件做滑窗处理

使用vcftools对vcf文件做滑窗处理

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  • 安生水
  • 发布于 2023-04-26 10:13
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服务器docker防止退出之后容器杀死导致任务中断

podman 防止退出之后容器杀死：

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-04-22 09:50
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stacks RAD 分析方法

stacks RAD 分析方法

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-04-19 13:40
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使用Python jcvi 时遇到的报错 ，如：FileNotFoundError，如何解决

关于JCVI的使用，唐老师在github上已经有很详细的介绍，网络上也有很多教程。JCVI依赖的东西非常多，因此在使用时还是难免遇到各种问题，以在使用Python  JCVI，遇到FileNotFoundError为例，...

pyvcf的安装

python的pyvcf模块是许多软件的依赖，如cuteSV等，可是直接安装会报错这里可以看出来，pyvcf的安装包竟然还在使用python2编写，因此为了使用它，需要用到use_2to3这个小模块，毫无疑问，这也是...

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  • xun
  • 发布于 2023-04-17 15:21
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flowCore R包安装报错

flowCore

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-04-17 13:44
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Linux的shuf命令对文件的行进行随机排序

Linux的shuf命令对文件的行进行随机排序

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  • 安生水
  • 发布于 2023-04-17 10:12
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Linux的shuf命令对文件的行进行随机排序

Linux常用命令shuf用于把输入行按随机顺序输出到标准输出。 具体用法如下： shuf命令会将final.bed文件中的所有行随机排序，-n选项设置显示前1000行。 常用参数有： 示例： 生成3个...

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  • 安生水
  • 发布于 2023-04-17 10:09
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压缩或解压软链接文件，gzip或gunzip报错Too many levels of symbolic links

目录下有个软链接的文件，想对它进行压缩或者解压，但是却报错Too many levels of symbolic links

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  • 星莓
  • 发布于 2023-04-14 15:20
  • 阅读 ( 2774 )

教你画多物种基因家族局部共线性分析图

教你画多物种基因家族局部共线性分析图

Linux下载数据

1. 查看Linux是否已安装linuxnd软件 下载及安装linuxnd软件：http://data-deliver.novogene.com/download 2. 登录 $/share/work/biosoft/nuohe/linuxnd/lnd login -u 用户名 -p 密码 3. 查...

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  • rzx
  • 发布于 2023-04-10 11:45
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统计每个窗口内SNP变异位点数量

统计每个窗口内SNP变异位点数量

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  • 安生水
  • 发布于 2023-04-07 16:20
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gff文件格式不标准的修改脚本

gff文件第三列一般有gene，mRNA，CDS，exon等等信息，但是有时候我们下载的gff文件没有gene信息，只有mRNA等等的信息，我们可以实用脚本手动校正。

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  • 星莓
  • 发布于 2023-04-07 16:02
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解决Rstudio Server卡顿问题

在使用Rstudio Server出现卡顿，或者每次打开server都会加载之前的工作。 解决方法： 1. 清除工作区内项目信息 2. 在Termianal页面下删除session rm -rf ~/.local/share/rstudio/sessions...

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  • rzx
  • 发布于 2023-04-07 15:39
  • 阅读 ( 3197 )

二叉树算法介绍

二叉树是一种非常重要的数据结构，它在计算机科学和软件工程中有着广泛的应用。本文将对二叉树进行简要介绍，并给出几个实际应用的例子。 一、二叉树简介 二叉树是一种树形数据结构，其中每个...

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  • xun
  • 发布于 2023-04-07 13:33
  • 阅读 ( 1268 )

gbff 格式注释文件转换成gff3注释文件格式

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conda一直卡在Solving environment

在使用conda安装CARD数据库自带软件rgi的时候，发现一直卡在Solving environment这一步，查了不少攻略也没能解决问题， 结果换了mamba后瞬间就安装上了，安装非常方便 conda install mamba -c...

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  • xun
  • 发布于 2023-04-06 16:37
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stack的利用

Python中可以使用栈（stack）数据结构来分析数据。下面是一个使用栈来判断一个字符串中的括号是否匹配的例子： 在这个例子中，我们首先定义了一个空的栈（stack），然后遍历字符串中的每一个...

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  • xun
  • 发布于 2023-04-06 15:59
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