进化树中如何添加分组圆环

进化树中如何添加分组圆环

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• 安生水
• 发布于 2018-12-14 13:55
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蛋白质组和转录组相关性图绘制

蛋白质组合转录组相关性图绘制

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• 发布于 2018-12-14 11:50
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awk匹配替换gsub

awk中gsub可以进行匹配替换： gsub(A,B)在$0中利用B替换A gsub(A,B,C)在指定的C中用B替换A 以数据test为例（TAB分隔）： ABCD    abcd    HJIKEL  AbDE    SGWA 全部替换 A字符换成DA字...

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• Daitoue
• 发布于 2018-12-14 10:28
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GFF中提取所有转录本的位置信息，以及对应的基因ID信息；

提取基因的转录本信息，以及对应的基因ID；

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• 发布于 2018-12-13 22:33
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perl输出基因的位置信息按照基因所在染色体，和位置信息排序

perl输出基因的位置信息按照基因所在染色体，和位置信息排序

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• 发布于 2018-12-13 22:26
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TCGA癌症和正常组织中的基因表达差异图

TCGA癌症和正常组织中的基因表达差异图

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• 发布于 2018-12-09 22:38
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ROC曲线的含义

ROC曲线的含义

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• 发布于 2018-12-09 21:28
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机器学习预测的混淆矩阵

机器学习混淆矩阵

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• 发布于 2018-12-09 21:12
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转录组中Count, TPM,FPKM如何计算

转录组中Count, TPM,FPKM如何计算

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• 发布于 2018-12-09 10:49
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Illumina microarray未标准化数据分布

不同于affy包对affymetrix芯片数据分布绘图，Illumina microarray数据分布是基于lumi包： boxplot-method density-method affy包也可以利用boxplot，不过密度图确实利用hist,此处就展示一...

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• Daitoue
• 发布于 2018-12-07 17:23
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芯片RNA降解情况

芯片RNA降解图 RNA的降解是影响芯片数据质量的一个很重要因素，一般，RNA从5端开始降解，所以理论上探针5端的荧光强度应该低于3端。 RNA降解曲线的斜率表示了这种变化趋势，斜率越小，说明降...

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• Daitoue
• 发布于 2018-12-07 16:38
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WGCNA筛选Biomarker

Biomarker有助于疾病诊断、判断疾病分期或者用来评价新药或新疗法在目标人群中的安全性及有效性。基于WGCNA，对疾病相关的基因表达数据构建网络，鉴定关键模块和hub基因，是筛选Biomarker的有效...

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• Daitoue
• 发布于 2018-12-07 16:24
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iTOL对进化树添加外部标签

iTOL对进化树添加外部标签

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• 安生水
• 发布于 2018-12-07 15:42
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iTOL进化树外层添加圆环

iTOL进化树外层添加圆环

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• 安生水
• 发布于 2018-12-07 15:18
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affymetrix芯片未标准化数据分布

获取芯片原始数据得到为标准化的数据，需要查看原数据的分布情况，可以通过多种方法获得分布图片。 以affy包ReadyAffy()读取CEL结果：AffyBatch对象为例（GSE66196） 1、箱线图：基于boxplo...

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• Daitoue
• 发布于 2018-12-07 14:46
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linux系统使用-生物信息视频课程

linux系统使用，适合初学者

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• 发布于 2018-12-07 14:36
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芯片灰度图

基因芯片灰度图是最原始的图像，每个灰度值都反映了图像所对应芯片位置的荧光分子相对强度信息。

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• Daitoue
• 发布于 2018-12-07 13:37
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蛋白质等电点的计算

采用biopython 计算蛋白质的等电点

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• 发布于 2018-12-07 13:32
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芯片原始数据标准化的几个包的安装

芯片原始数据下载后进行质控标准化除了基于相关的软件外，也可以利用bioconductor的几个包，不过需要注意介于R版本的问题，包的安装基于install.packages可能安装不成功。

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• Daitoue
• 发布于 2018-12-07 10:38
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iTOL修改进化树的标签基因ID名称

iTOL如何修改标签

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• 安生水
• 发布于 2018-12-07 10:32
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