转录本组装软件StringTie的使用说明
转录组比对软件HISAT2的使用说明
该篇文章以大田环境下心叶期京科968玉米品种为材料,研究的是在此时期玉米遭受亚洲玉米螟为害时所诱导产生的直接和间接的防御反应及其生理生化和分子机制。下面直接看论文都写了哪些内容。...
数据统计显示FGF21突变和甜食偏好、更低的体脂、更高的血压有关。
菠萝WRKY基因家族分析
TCGA的ENSG编号转换成gene symbol
在线GO富集分析
matplotlib安装
代码高亮显示tips。
利用GEOquery包的getGEO()可以进行芯片相关数据的下载,不过,有人反映不少芯片的表达矩阵下载经常出错,可以通过手动下载的方式将矩阵文件下载到对应的工作路径中: 矩阵文件的基本命名格式...
BLAST+是使用非常广泛的序列比对软件,有NCBI提供
之前在做dcaps标记,开始只找到网站版的软件,后来发现一个不错的脚本软件——SNP_Primer_Pipeline
准备好分析需要的文件,在GSEA官网下载分析软件(软件可以免费下载,需要配置java环境)就可以进行GSEA分析。 打开分析软件,第一步是载入数据,如下图所示,点击红箭头指向的1出的Load data会...
转录因子在TCGA中的调控分析
转录因子的结合序列查找
列举了19个OrgDB,物种对应的全基因组注释R包,方便根据EntreZ进行基因的注释分析等等 物种 OrgDB 按蚊(Anopheles) org.Ag.eg.db 拟南芥(Arabidopsis) org.At.tair.db 牛(Brov...
快速绘制DNA Logo
行数不同的数据读入R,批量去除NA,绘制韦恩图。
Vennerable绘制维恩图颜色比较丑如何自己设置颜色。
统计相同ID出现的频率,并用ggplot绘制柱状图;