omicsgene
百万样品GWAS解释精神疾病间的遗传关系
2018年，《Science》一篇研究论文通过对上百万例实验样品数据进行分析，揭示不同精神疾病之间享有共同的遗传变异，然而神经性疾病表现更为独立。
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- omics007
- 发布于 2018-06-29 22:13
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omics007
红橙子
perl语言——正则表达式
正则表达式(regular expression)描述了一种字符串匹配的模式，可以用来检查一个串是否含有某种子串、将匹配的子串做替换或者从某个串中取出符合某个条件的子串等。 Perl语言的正则表达式功能非...
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- 安生水
- 发布于 2018-06-29 14:32
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安生水
R处理大数据时内存out of memory的问题
R处理大数据时偶尔会出现out of memory的问题，相关解决方法： 1、memory.size()查看当前work space内存使用状况（MB） 2、memory.limit()查看当前work space运行使用内存的上限 > memo...
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- Daitoue
- 发布于 2018-06-29 13:16
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Daitoue
统计不同样品-生物学重复基因表达量数据合并和绘图统计
处理统计RNA-seq 表达量数据，绘制柱状图，PCA散点图，还有不同样品表达基因维恩图。
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- omicsgene
- 发布于 2018-06-28 23:52
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微生物互作网络构建教程网站--Microbial association network construction tutorial
基于微生物16s测序数据中的OTU丰度矩阵可以进行微生物互作网络构建，从而探索微生物之间的互作关系。而网络的构建方法多种多样，下面给大家推荐一个网站，Microbial association network constr...
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- Daitoue
- 发布于 2018-06-28 22:18
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转录组分析时，影响差异基因数量的因素有哪些？
差异基因的筛选是基于统计学意义的，不能直观的通过两个数值的大小判断差异基因的是否。 首先：受测序深度的影响，有些样品的测序深度较深，可能导致该样品的readcount数值较高，做差...
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- landy
- 发布于 2018-06-28 16:33
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landy
microRNA
Cufflinks,Stringtie 合并转录本之后，如何筛选新转录本？
GTF文件中class code 注释转录本的类型
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- microRNA
- 发布于 2018-06-28 09:51
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搭建生信编程环境eclipse+perl+python+R（java环境）
搭建自己的生信编程环境eclipse+perl+python+R（java环境）
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- omicsgene
- 发布于 2018-06-25 15:45
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TCGA和GEO套路文章解说
利用GEO数据TCGA数据筛选疾病相关标志分子，miRNA，mRNA，lncRNA，circRNA等；
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- omicsgene
- 发布于 2018-06-23 14:08
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叶绿体基因做跨物种系统发育分析
叶绿体是绿色植物进行光合作用的细胞器，具有合成蛋白质、淀粉、色素等功能，普遍存在于真核自养生物中，尤其是藻类和陆生植物，其基因组可自主遗传。
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- 安生水
- 发布于 2018-06-22 16:01
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SNP2CAPS使用
SNP2CAPS可将SNP转换为CAPS标记，其具体用法： perl SNP2CAPS.pl chr5D:9950377.fa_1 link_gcg AanI,AarI,AasI,AatII,Aba6411II,AbaB8342IV,AbaCIII > chr5D:9950377.txt 其中...
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- 安生水
- 发布于 2018-06-22 15:44
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merged.gtf 合并同一转录本的exon位置
在merged.gtf文件中有所有外显子的信息，下面的脚本可根据此文件提取转录本的所有外显子位置信息。 merged.gtf文件实例： Chr00 Cufflinks exon 37990 38333 . + ...
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- 安生水
- 发布于 2018-06-22 15:09
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聚合酶链式反应（PCR）
聚合酶链式反应，其英文Polymease Chain Reaction(PCR)是体外酶促合成特异DNA片段的一种方法,由高温变性、低温退火及适温延伸等几步反应组成一个周期,循环进行,使目的DNA得以迅速扩增,...
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- 安生水
- 发布于 2018-06-22 14:00
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Hierarchical clustering主要聚类方法与R语言中聚类函数的应用
系统聚类Hierarchical clustering（层次聚类、谱系聚类）— 最短距离法（single linkage)— 最长距离法 （complete linkage)— 中间距离法 （median method)— 可变距离法 （flexible median)— 重心...
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- Daitoue
- 发布于 2018-06-22 12:11
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浅谈几种常用的蛋白互作实验研究方法!
随着分子生物学研究方法的发展，很多的研究领域都越来越多的分析到了蛋白层面，下面我们就简单介绍几种常用的蛋白互作研究方法： 酵母双杂交： 酵母双杂交由Fields在1989年提出，它的产生...
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- landy
- 发布于 2018-06-22 10:18
- 阅读 ( 10370 )
