细胞作为生命的基本单位,必须利用其DNA中编码的信息来制造蛋白,因为蛋白对细胞结构至关重要,可以使细胞具有特定的形状和结构。根据中心法则,当DNA转录为RNA,RNA又被翻译成蛋白时,遗传信息则从DNA传递到RNA再到蛋白。那么影响蛋白表达的因素有哪些?又如何规避呢?
Orthology 定义
Orthofinder是做直系同源基因分析时常用软件,除此之外,还可以使用OrthoMCL,今天主要介绍Orthofinder软件的工作流程。 1. Orthofinder发表的工作流程如上图: 1.1 (a)将所有物种的...
安装gdal报错
有时候我们从NCBI下载SRA文件时会发现,会有SRA Lite和SRA Normalized两种类型的数据,前者后缀是.sralite,其文件大小也比原始的SRA文件要小。这两种数据的区别是什么呢?
解决基因组当中蛋白质序列ID和gff中ID不一致的问题
VI、VIM用什么命令跳到文件头和文件尾
基因家族共线性分析,利用python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性
利用单拷贝直系同源基因蛋白序列做分歧时间树
从fasta基因组中提取反向互补序列,借助bedtools工具。 bedtools getfasta -fi Dlong_asm_chr.fasta -bed DlNIP.bed -s -fo DlNIP.bed.fa -fi 基因组文件 -bed 基因位置 共6列:【染色...
大部分植物的叶绿体基因组具有典型的四分体结构,即由LSC、SSC以及一对IR区域构成,IR和SSC区域的收缩与扩张是常见的进化事件。通过irscope工具可以将多个物种叶绿体的区域边界进行可视化对比...
GenotypeGVCFs 运行速度慢解决方法
SSR (Simple Sequence Repeat),即简单重复序列,是一种以PCR技术为核心的DNA分子标记技术,也称为微卫星序列或者串联重复。
基于WSL2的docker更改存储位置
1.从CRAN安装;2.使用BiocManager安装;3.从github安装
使用conda时报上面的错,一般是因为路径错误 使用这个命令获取路径 conda info | grep -i 'base environment' 用得到的路径替换下面命令中的路径 source 路径/etc/profile.d/conda.sh 运...
interpro 查询结构域
singularity使用
HMMER ——hmmsearch 用法,参数