跨物种研究物种遗传进化方法
perl中通过文件操作符glob提供相当于shell中的指定多个文件的“通配符”语法功能,文件操作符glob将返回与所指定的glob文件模式相匹配的所有文件的list。
最近有关计算KaKs的输入文件,有人提出了问题,说是不是可以通过修改后缀名称aln变为axt来改变文件,变成软件可识别的格式?答案是不可以的,因为aln文件跟axt文件的格式是不一样的,因此只能通...
GEO2R是GEO在线分析工具,基于此工具可以对部分GEO样品数据进行基因差异表达分析。
readxl包括多个可以读取excel的函数,比之xlsx包更方便
rbsurv对生存分析的单因素进行鲁棒性检验
对组装结果中GAP左右批量设计引物
在作芯片数据或者是转录组数据的GSEA分析时候,需要四个文件: 1、基因表达数据文件; 2、表型数据文件; 3、功能基因集文件; 4、芯片注释文件; 这四个文件只需要分析者提供前两个文件即...
在使用GSSE绘制基因结构或者是顺势作用元件时,如果图例太多,在网页展示不出来,这个时候你需要对图片进行修改.增大背景画布就可以显示了,点击下图红色箭头所指按钮,进入到图片编辑界面: 拉...
生存分析的一些基本概念
生存曲线图的绘制
今天跟大家分享一个分析蛋白保守结构域的的网站: 网址:http://www.ebi.ac.uk/interpro/ 在上图的方框导入蛋白序列,点击submit,就开始运行,结果如下图所示: 这个网站不仅分析了蛋白的保...
TCGA数据进行多因素的生成分析
TCGA 表达数据进行单因素生存分析
在R中利用split,借助数据的分类类型,对数据进行分组
R语言中常见的基本字符串处理,涉及匹配、替换、分割、截取、大小写转换等等
利用R 对文件夹下的文件批量读取
命令行筛选差异基因
GSEA的定义 Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势,从而判断其对表型的影响作用。其输入数据包含两部分...
python