安生水
提取 VCF 文件中的基因型信息
VCF 是一种常用的生物信息学文件格式，用于存储基因组中的遗传变异数据，特别是单核苷酸多态性（SNP）和小插入/缺失（Indel）等变异。 VCF 文件通常由文本格式组成，可以用文本编辑器进行查看...
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- 星莓
- 发布于 2023-06-15 15:59
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星莓
linux:将进程更改为切换到后台不退出
在linux中执行命令的时候，在程序命令行后加入&符，可以将命令放入后台执行且关闭shell不退出进程； 但如果一开始执行命令的时候没有加入&，后面发现命令执行时间很长，解决办法如下：...
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- rzx
- 发布于 2023-06-14 19:11
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rzx
Docker会限制线程数吗
再用hifiasm组装基因组时，线程数选择的100，但是后台只看见了10，这是怎么回事？docker会限制线程数吗？
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- Mr Dong
- 发布于 2023-06-14 11:14
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Mr Dong
omicsgene
ggplot 柱状图，y轴从0 开始，最高柱子 留有余地代码：
ggplot 柱状图，y轴从0 开始，最高柱子 留有余地代码：
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- omicsgene
- 发布于 2023-06-08 17:34
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NCBI的SRA Lite和SRA Normalized数据有什么区别
有时候我们从NCBI下载SRA文件时会发现，会有SRA Lite和SRA Normalized两种类型的数据，前者后缀是.sralite，其文件大小也比原始的SRA文件要小。这两种数据的区别是什么呢？
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- 星莓
- 发布于 2023-06-08 14:29
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csvtk，A powerful software for handling CSV files
CSVTK，即CSV工具包，是一个用于处理逗号分隔值（CSV）文件的实用命令行程序。由于其简单性、灵活性和效率，对于经常处理CSV文件的人来说，特别是在数据科学、生物信息学以及任何需要数据分析的...
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- xun
- 发布于 2023-06-08 09:54
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xun
解决umount: /home: device is busy
umount -l /home 强行解除挂载
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- omicsgene
- 发布于 2023-06-07 14:08
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运行命令makeblastdb建库时报错，生成pdb-lock 空文件。
运行命令makeblastdb -in all.pep.fa -dbtype prot -title all.pep.fa 时卡住报错，生成all.pep.fa.pdb-lock 空文件。 解决：makeblastdb 工具版本问题，从2.13.0版本改成2.6.0版本，就可以...
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- rzx
- 发布于 2023-06-05 15:20
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kraken2生成的biom文件处理
使用kraken2软件做宏基因组或扩增子项目物种注释项目的时候，如果后续不使用bracken则可能会遇到一个问题，结果生成的biom文件中taxonomy并不是最终结果，比如下面这样 可以用脚本来处理，删...
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- xun
- 发布于 2023-05-31 17:33
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多分组venn图绘制脚本
绘制多分组venn图时发现好多包都不支持，只能用原始的包，脚本如下 #!/share/work/biosoft/R/latest/bin/Rscriptargs <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)library(venn)library(VennDiagra...
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- xun
- 发布于 2023-05-30 18:05
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blastn使用教程及结果详解
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具，直接输入fasta格式的序列文件就可进行比对
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- 星莓
- 发布于 2023-05-29 14:49
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dell R430启动失败 NVRAM_CLR jumper
dell R430启动失败 NVRAM_CLR jumper
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- omicsgene
- 发布于 2023-05-27 12:33
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空间代谢组学|质谱成像技术原理解读
空间代谢组学（Spatial Metabolomics）是整合质谱成像（Mass Spectrometry Imaging，MSI）和代谢组学（Metabolomics）技术，对动/植物组织中代谢物的种类、含量和空间分布进行精准测定的技术，...
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- rzx
- 发布于 2023-05-19 15:48
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