omicsgene
python2运行lefse软件的时候报错
使用python2运行lefse软件的时候报错这是因为当前LEfSe依赖的R包rpy2的版本与你的R版本不兼容，你可以尝试更新一个rpy2的小版本，比如我更新了 pip2 install rpy2==2.8.6 随后就可以直接使用...
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- xun
- 发布于 2023-05-12 18:06
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xun
综合转录组学和代谢组学分析揭示了菜豆响应冷胁迫的关键调控网络
文章链接：https://bmcplantbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12870-023-04094-1 一、实验样本准备 实验物种：冷敏感菜豆品种093和抗冷菜豆品种120材料处理：将所有菜豆种子在25° 日...
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- rzx
- 发布于 2023-05-12 16:05
- 阅读 ( 852 )
rzx
回归分析中R2的意义
回归分析中R2指的是结果变量（y）的观测值与y的拟合（即预测）值之间的相关系数；因此，R的值将始终为正，范围为0至1。 相关系数R2：表示你的曲线线性是否很好，理想状态是1，但是达不到。一般...
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- rzx
- 发布于 2023-05-10 11:51
- 阅读 ( 4651 )
典型相关性分析CCA与冗余分析RDA
1.典型相关（CCA）的基本原理canonical correspondence analysis 典型相关分析是研究两组变量之间关系的一种多变量统计分析方法，它可以反映两组变量之间的相互依赖的线性关系。设两组变量用x1...
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- rzx
- 发布于 2023-05-09 17:37
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安生水
很大的压缩文件计算行数
这个其实很多办法都可以做到，基本就是靠zcat后接awk，sed，或者wc命令，不过速度差强人意，比如这个 awk应该是这几个里最快的，但一个3个G左右的文件仍然运行了接近2分钟，考虑到还有几个30个...
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- xun
- 发布于 2023-05-05 15:22
- 阅读 ( 603 )
根据fastq ID列表，输出指定ID对应的双端或单端fastq文件
如果某fq_clean文件的其中一端出现了错误，我们手里还持有他的原始数据，那我们就可以用以下方法处理1，首先提取clean文件另一端的id，我用了python脚本 import gzipimport argparsedef extrac...
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- xun
- 发布于 2023-05-05 13:31
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基因组重复序列注释统计结果更新-buildRepeatSummary.pl
基因组重复序列注释统计结果更新-buildRepeatSummary.pl
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- omicsgene
- 发布于 2023-04-28 18:12
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三代数据SV检测软件安装与使用——cuteSV
三代测序在检测基因组结构变异方面有着很大的优势，但是由于数据分析算法、软件还处于不断开发更新中，当前还没有公认推荐的软件。这里为大家推荐一款国人开发的三代数据SV检测软件—cuteSV。该...
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- 星莓
- 发布于 2023-04-28 14:14
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星莓
使用Python jcvi 时遇到的报错 ，如：FileNotFoundError，如何解决
关于JCVI的使用，唐老师在github上已经有很详细的介绍，网络上也有很多教程。JCVI依赖的东西非常多，因此在使用时还是难免遇到各种问题，以在使用Python JCVI，遇到FileNotFoundError为例，...
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- 生信阿姨
- 发布于 2023-04-18 11:35
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生信阿姨
Linux的shuf命令对文件的行进行随机排序
Linux常用命令shuf用于把输入行按随机顺序输出到标准输出。 具体用法如下： shuf命令会将final.bed文件中的所有行随机排序，-n选项设置显示前1000行。 常用参数有： 示例： 生成3个...
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- 安生水
- 发布于 2023-04-17 10:09
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压缩或解压软链接文件，gzip或gunzip报错Too many levels of symbolic links
目录下有个软链接的文件，想对它进行压缩或者解压，但是却报错Too many levels of symbolic links
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- 星莓
- 发布于 2023-04-14 15:20
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