筛选:  最新的 推荐的 热门的

kraken2生成的biom文件处理

使用kraken2软件做宏基因组或扩增子项目物种注释项目的时候，如果后续不使用bracken则可能会遇到一个问题，结果生成的biom文件中taxonomy并不是最终结果，比如下面这样 可以用脚本来处理，删...

  • 0
  • 0
  • xun
  • 发布于 2023-05-31 17:33
  • 阅读 ( 1524 )

多分组venn图绘制脚本

绘制多分组venn图时发现好多包都不支持，只能用原始的包，脚本如下 #!/share/work/biosoft/R/latest/bin/Rscriptargs <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)library(venn)library(VennDiagra...

  • 0
  • 0
  • xun
  • 发布于 2023-05-30 18:05
  • 阅读 ( 1358 )

blastn使用教程及结果详解

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具，直接输入fasta格式的序列文件就可进行比对

  • 0
  • 0
  • 星莓
  • 发布于 2023-05-29 14:49
  • 阅读 ( 5862 )

计算RNASeq 的Power值

计算RNASeq 的Power值

  • 0
  • 0
  • 安生水
  • 发布于 2023-05-29 13:25
  • 阅读 ( 2205 )

dell R430启动失败 NVRAM_CLR jumper

dell R430启动失败 NVRAM_CLR jumper

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2023-05-27 12:33
  • 阅读 ( 1257 )

空间代谢组学|质谱成像技术原理解读

空间代谢组学（Spatial Metabolomics）是整合质谱成像（Mass Spectrometry Imaging，MSI）和代谢组学（Metabolomics）技术，对动/植物组织中代谢物的种类、含量和空间分布进行精准测定的技术，...

  • 0
  • 0
  • rzx
  • 发布于 2023-05-19 15:48
  • 阅读 ( 3314 )

构建一致性序列

构建一致性序列

  • 0
  • 0
  • 安生水
  • 发布于 2023-05-19 11:33
  • 阅读 ( 6457 )

linux设置磁盘自动挂载

linux设置磁盘自动挂载

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2023-05-17 17:06
  • 阅读 ( 1379 )

python2运行lefse软件的时候报错

使用python2运行lefse软件的时候报错这是因为当前LEfSe依赖的R包rpy2的版本与你的R版本不兼容，你可以尝试更新一个rpy2的小版本，比如我更新了 pip2 install rpy2==2.8.6 随后就可以直接使用...

  • 0
  • 0
  • xun
  • 发布于 2023-05-12 18:06
  • 阅读 ( 892 )

综合转录组学和代谢组学分析揭示了菜豆响应冷胁迫的关键调控网络

文章链接：https://bmcplantbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12870-023-04094-1 一、实验样本准备 实验物种：冷敏感菜豆品种093和抗冷菜豆品种120材料处理：将所有菜豆种子在25° 日...

  • 0
  • 0
  • rzx
  • 发布于 2023-05-12 16:05
  • 阅读 ( 1261 )

linux常用技巧

1，备份家目录 #!/bin/bashBACKUP_DIR=/share/nas5/wanghj/dataTIMESTAMP=$(date +%Y%m%d%H%M%S)tar -zcvf $BACKUP_DIR/backup_$TIMESTAMP.tar.gz /home/wanghj 2，监控系统内存，i/o及存储等...

  • 0
  • 0
  • xun
  • 发布于 2023-05-12 13:43
  • 阅读 ( 938 )

回归分析中R2的意义

回归分析中R2指的是结果变量（y）的观测值与y的拟合（即预测）值之间的相关系数；因此，R的值将始终为正，范围为0至1。 相关系数R2：表示你的曲线线性是否很好，理想状态是1，但是达不到。一般...

  • 0
  • 0
  • rzx
  • 发布于 2023-05-10 11:51
  • 阅读 ( 6162 )

典型相关性分析CCA与冗余分析RDA

1.典型相关（CCA）的基本原理canonical correspondence analysis  典型相关分析是研究两组变量之间关系的一种多变量统计分析方法，它可以反映两组变量之间的相互依赖的线性关系。设两组变量用x1...

  • 0
  • 0
  • rzx
  • 发布于 2023-05-09 17:37
  • 阅读 ( 8392 )

MNP标记设计中DP的计算方法

MNP标记设计中DP的算法

  • 0
  • 0
  • 安生水
  • 发布于 2023-05-08 16:34
  • 阅读 ( 1144 )

MNP标记设计

MNP标记设计

  • 0
  • 0
  • 安生水
  • 发布于 2023-05-08 16:22
  • 阅读 ( 7683 )

很大的压缩文件计算行数

这个其实很多办法都可以做到，基本就是靠zcat后接awk，sed，或者wc命令，不过速度差强人意，比如这个 awk应该是这几个里最快的，但一个3个G左右的文件仍然运行了接近2分钟，考虑到还有几个30个...

  • 0
  • 0
  • xun
  • 发布于 2023-05-05 15:22
  • 阅读 ( 829 )

根据fastq ID列表，输出指定ID对应的双端或单端fastq文件

如果某fq_clean文件的其中一端出现了错误，我们手里还持有他的原始数据，那我们就可以用以下方法处理1，首先提取clean文件另一端的id，我用了python脚本 import gzipimport argparsedef extrac...

  • 0
  • 0
  • xun
  • 发布于 2023-05-05 13:31
  • 阅读 ( 933 )

基因组重复序列注释统计结果更新-buildRepeatSummary.pl

基因组重复序列注释统计结果更新-buildRepeatSummary.pl

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2023-04-28 18:12
  • 阅读 ( 1389 )

三代数据SV检测软件安装与使用——cuteSV

三代测序在检测基因组结构变异方面有着很大的优势，但是由于数据分析算法、软件还处于不断开发更新中，当前还没有公认推荐的软件。这里为大家推荐一款国人开发的三代数据SV检测软件—cuteSV。该...

  • 0
  • 0
  • 星莓
  • 发布于 2023-04-28 14:14
  • 阅读 ( 1997 )

使用vcftools对vcf文件做滑窗处理

使用vcftools对vcf文件做滑窗处理

  • 0
  • 0
  • 安生水
  • 发布于 2023-04-26 10:13
  • 阅读 ( 1851 )