repeatMasker 得到的out文件转换成gff文件,可以用bedtools对基因组进行重复区屏蔽

repeatMasker 得到的out文件转换成gff文件,可以用bedtools对基因组进行重复区屏蔽

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  • omicsgene
  • 发布于 2022-12-07 10:13
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pip报错

出现报错WARNING: Running pip as the 'root' user can result in broken permissions and conflicting behaviour with the system package manager. It is recommended to use a virtual envir...

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  • xun
  • 发布于 2022-12-05 16:42
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MySQL报错:ERROR 2002 (HY000): Can't connect to local MySQL server through socket '/tmp/mysql.sock'

MySQL报错:ERROR 2002 (HY000)

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  • 安生水
  • 发布于 2022-12-05 14:09
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添加千位分隔符

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  • 安生水
  • 发布于 2022-12-05 14:02
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超大基因组,超长染色体,凤丹牡丹基因组怎一个难字了得!

上海辰山植物园联合中科院植物研究所、中科院分子植物卓越中心在NC发文公布凤丹牡丹基因组及其关键性状的分子基础!

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  • omics007
  • 发布于 2022-11-30 15:10
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真菌 ncRNA 基因特征及坚定方法

Haas BJ, Zeng Q, Pearson MD, Cuomo CA, Wortman JR. Approaches to Fungal Genome Annotation. Mycology. 2011 Oct 3;2(3):118-141. doi: 10.1080/21501203.2011.606851. PMID: 22059117; PMCID: PMC3207268.

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  • omicsgene
  • 发布于 2022-11-30 14:07
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uniref50 数据库下载及格式化

uniref50 数据库下载及格式化

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  • omicsgene
  • 发布于 2022-11-29 10:42
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singularity运行fastqc报错OutOfMemoryError

比如在singularity中运行: singularity exec /share/singularity_images/reseq_v1.2.sif fastqc $datadir/*.gz  -o $workdir/1.fastqc 可能报错: 可以加一个-t选项,多线程运行,如下图,...

blastp 快速比对注释基因,输出注释信息

blastp -query unknown.pep.fa -db /share/work/database/blastdb/swissprot/uniprot_sprot.fasta -num_threads 10  -evalue 0.000001 -seg yes -soft_masking true -lcase_masking -max_hsps 1...

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  • omicsgene
  • 发布于 2022-11-21 16:35
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Pheatmap绘制多分组热图

Pheatmap绘制多分组热图

名额有限-组学大讲堂共享云服务器开售了!

组学大讲堂云共享服务器上线!

contig or scaffold GFF 文件通过AGP文件转换成 染色体 gff文件

contig GFF 文件通过AGP文件转换成 染色体 gff文件

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  • 发布于 2022-11-17 21:14
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组装好的基因组通过agp文件得到contig序列

https://github.com/tanghaibao/jcvi/issues/391

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  • 发布于 2022-11-17 20:33
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Mac使用FileZilla连接服务器-SSH

Mac使用FileZilla连接服务器-SSH

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  • 发布于 2022-11-17 12:11
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eggNOG 注注释报near "WITHOUT": syntax error

eggnog-mapper 注释

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  • 发布于 2022-11-16 15:44
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duplicate_gene_classifier统计全基因组不同类型复制事件的数目

duplicate_gene_classifier属于MCScanX的核心程序,用于基因分类,统计全基因组不同类型复制事件的数目。 命令行格式: $duplicate_gene_classifier Dl Dl是物种缩写,是Dl.blast文件。在运...

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  • 发布于 2022-11-16 14:00
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Linux磁盘配额

Linux磁盘配额

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  • 安生水
  • 发布于 2022-11-15 13:56
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ggtern 安装报错

ggtern 安装报错

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  • omicsgene
  • 发布于 2022-11-14 23:51
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hmmer之hmmbuild用法

hmmer之hmmbuild用法