Linux安装细胞器组装软件--GetOrganelle

GetOrganelle软件是一款由郁文斌老师开发的一套全新的细胞器基因组组装工具,可以对大规模的细胞器基因组进行快速、准确及自动化组装。

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  • 星莓
  • 发布于 2022-11-14 11:18
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docker 镜像 中plink 出现报错 segmentation fault

docker 镜像 中plink 出现报错 segmentation fault

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  • 发布于 2022-11-11 13:10
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Repeat masking in MAKER2 (difference with BRAKER2)

Repeat masking in MAKER2 (difference with BRAKER2)

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  • 发布于 2022-11-10 10:46
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Rocky 9下Rstudio-service配置教程

Rocky 9下Rstudio-service配置教程

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  • 安生水
  • 发布于 2022-11-08 14:28
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sklearn中使用pipeline重复处理测试集

pipeline 实现了对全部步骤的流式化封装和管理,可以很方便地使参数集在新数据集上被重复使用。 可以用于下面几处: 模块化 Feature Transform 自动化 Grid Search 自动化 Ensemble Generat...

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  • xun
  • 发布于 2022-11-07 15:06
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singularity 利用docker 镜像压缩包构建 sif文件

singularity 利用docker 镜像压缩包构建 sif文件

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  • omicsgene
  • 发布于 2022-11-05 20:22
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runc 与 containerd.io 冲突安装不上runc

/etc/yum.repos.d/docker-ce.repo

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  • 发布于 2022-11-05 20:14
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Perl——正则表达式之贪婪模式和非贪婪模式

Perl——正则表达式之贪婪模式和非贪婪模式

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  • 安生水
  • 发布于 2022-11-04 15:59
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跟着文献学做图 | 用蛋白质序列做主成分分析(PCA)

提到主成分分析,一般我们都是使用Plink,GCTA等软件基于SNP数据来操作,那么如果我们用蛋白质序列,能不能做主成分分析,如何做呢? 答案是可以做,让我们一起来学习怎样做出与文献一样的图吧~

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  • 星莓
  • 发布于 2022-11-03 16:49
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DELL R430服务器用U盘安装Linux步骤

DELL R430服务器用U盘安装Linux步骤

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  • 发布于 2022-11-03 16:25
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Braker 有转录组数据预测基因 多样本转录组

多样本转录组

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  • 发布于 2022-11-02 17:31
  • 阅读 ( 1445 )

基因组注释分析方法

基因组注释分析方法

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  • 发布于 2022-11-02 10:42
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GATK4对于大量样品的项目进行变异检测

GATK4

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  • 安生水
  • 发布于 2022-10-31 12:49
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使用DNA序列做主成分分析(PCA)——R语言adegenet包

提到主成分分析,一般我们都是使用Plink,GCTA等软件基于SNP数据来操作,那么如何用DNA序列做主成分分析呢? 思路是先比对,之后使用R语言的adegenet包把比对的数据转换成snp数据,用到的函数是fasta2genlight(),再进行PCA分析及绘图。

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  • 星莓
  • 发布于 2022-10-31 11:33
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qiime2 安装-使用国内镜像避免网络原因报错:

qiime2 安装-使用国内镜像避免网络原因报错:

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  • 发布于 2022-10-29 10:07
  • 阅读 ( 2234 )

Biopython之序列输入

Biopython

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  • 安生水
  • 发布于 2022-10-25 10:19
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GATK4进行变异检测是否可以多线程

GATK4

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  • 安生水
  • 发布于 2022-10-25 09:50
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python操作大文件删除某行

删掉文件其中一行,非常简单,不过如果一个文件很大以至于无法读到内存里,又该怎么操作呢 其实我们可以使用 open() 方法把需要修改的文件打开为两个文件,然后逐行读入内存,找到需要删除的行...

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  • xun
  • 发布于 2022-10-24 16:10
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Perl方法对文档全文进行字符串对应替换

举个例子:从数据库中下载基因组数据,基因组.gff文件中染色体ID较为复杂(第一列) 从全基因组序列.genome.fa文件中找到染色体ID对应简写 想将gff文档中染色体ID全部替换成第二列LC*命名...

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  • rzx
  • 发布于 2022-10-24 14:38
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sort 按照染色体排序后按位置坐标排序

经常会遇到对bed文件或其他相关数据的排序,记录一下如何先按照染色体号排序,然后按照坐标位置排序。 sort -k1,1 -k2n file1 > file2 排序完成后如下:

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  • 星莓
  • 发布于 2022-10-24 09:55
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