ERROR 1290 (HY000): The MySQL server is running with the --skip-grant-tables 解决方法
pfam数据库被合并之后,还有很多数据库可以进行结构域的查询
零假设(null hypothesis),统计学术语,又称原假设,指进行统计检验时预先建立的假设,这个假设一般是未进行实验之前最保守和有意推翻的假设,而之后实验的目的一般是希望证明其假设错误。 零...
repeatMasker 得到的out文件转换成gff文件,可以用bedtools对基因组进行重复区屏蔽
出现报错WARNING: Running pip as the 'root' user can result in broken permissions and conflicting behaviour with the system package manager. It is recommended to use a virtual envir...
MySQL报错:ERROR 2002 (HY000)
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上海辰山植物园联合中科院植物研究所、中科院分子植物卓越中心在NC发文公布凤丹牡丹基因组及其关键性状的分子基础!
Haas BJ, Zeng Q, Pearson MD, Cuomo CA, Wortman JR. Approaches to Fungal Genome Annotation. Mycology. 2011 Oct 3;2(3):118-141. doi: 10.1080/21501203.2011.606851. PMID: 22059117; PMCID: PMC3207268.
uniref50 数据库下载及格式化
比如在singularity中运行: singularity exec /share/singularity_images/reseq_v1.2.sif fastqc $datadir/*.gz -o $workdir/1.fastqc 可能报错: 可以加一个-t选项,多线程运行,如下图,...
blastp -query unknown.pep.fa -db /share/work/database/blastdb/swissprot/uniprot_sprot.fasta -num_threads 10 -evalue 0.000001 -seg yes -soft_masking true -lcase_masking -max_hsps 1...
Pheatmap绘制多分组热图
组学大讲堂云共享服务器上线!
contig GFF 文件通过AGP文件转换成 染色体 gff文件
https://github.com/tanghaibao/jcvi/issues/391
Mac使用FileZilla连接服务器-SSH
eggnog-mapper 注释
duplicate_gene_classifier属于MCScanX的核心程序,用于基因分类,统计全基因组不同类型复制事件的数目。 命令行格式: $duplicate_gene_classifier Dl Dl是物种缩写,是Dl.blast文件。在运...