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blast比对结果说明

我们作比对时经常用到blast，其比对结果一般都用m8格式（即参数是 -m 8，blast+是 -outfmt 6），但是结果文件中是没有表头的，这里来写一下。

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  • 安生水
  • 发布于 2018-07-20 11:13
  • 阅读 ( 20108 )

你了解SAM和BAM文件吗

当我们测序得到的fastq文件map到基因组之后，会得到一个以SAM或Bam为扩展名的文件。这里将详细介绍SAM和Bam文件！

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  • 安生水
  • 发布于 2018-06-29 09:33
  • 阅读 ( 11431 )

文章问题撰写及发布审核要求

文章发布要求，及审核规定，否则文章、问题、回答、评论将不予审核通过。

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-06-21 17:51
  • 阅读 ( 7153 )

如何按照影响因子筛选文章--PubMed文献搜索技巧

PubMed文献搜索的一个实用技能--如何按照影响因子进行筛选文章？

转录因子研究方法！

转录因子研究方法

如何看懂微生物多样性分析当中三元相图ternary

三元相图查看说明

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-06-13 13:07
  • 阅读 ( 12906 )

分析基因家族时两种搜索基因家族成员方法比较

在分析基因家族时需要鉴定基因家族成员时，有两种鉴定方法: 第一种、利用蛋白保守结构域的隐马尔科夫模型搜索。 第二种、利用BLAST序列比对搜索基因家族成员。 这两种情况的适用条件：如果要...

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  • landy
  • 发布于 2018-06-08 14:48
  • 阅读 ( 6006 )

如何将ENSEMBL ID转换成Gene ID(ENTREZID)或者Symbol

AnnotationDbi 和 结合物种对应的注释文件，将ENSEMBL ID转换成Gene ID(ENTREZID)

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-06-07 18:30
  • 阅读 ( 34908 )

TCGA数据下载

TCGAbiolinks 下载 TCGA 数据

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  • microRNA
  • 发布于 2018-05-25 10:30
  • 阅读 ( 4751 )

WGCNA分析要求

WGCNA常见问题

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  • microRNA
  • 发布于 2018-05-25 10:04
  • 阅读 ( 11067 )

perl对文件夹处理

用perl批量处理文件夹下所有文件 opendir（）获取目录权柄；readdir（）读取目录下文件 #!/usr/bin/perl -w $dirname = "/tmp";         #指定一个目录 opendir ( DIR, $dirname ) || die...

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  • 安生水
  • 发布于 2018-05-24 16:15
  • 阅读 ( 2866 )

beta多样性中的距离矩阵总结

距离矩阵差别：jaccard bray-curtis 欧式距离 unifrac（weighted/unweigted）

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-05-24 13:20
  • 阅读 ( 11663 )

转录组数据挖掘的几个建议

如何挖掘数据？明确研究目的，实验方案设计，关注已知的结果，结合表型，进行突破

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  • microRNA
  • 发布于 2018-05-18 11:28
  • 阅读 ( 4177 )

微生物多样性分析之Bray curtis距离

 Bray-Curtis距离是以该统计指标的提出者J. Roger Bray和John T. Curtis的名字命名的主要基于OTUs的计数统计比较两个群落微生物的组成差异。与unifrac距离包含的信息完全不一样相比于jaccard距...

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  • 安生水
  • 发布于 2018-05-18 09:21
  • 阅读 ( 15236 )

给大家推荐两个预测植物顺势作用元件的网站

Plant CARE 地址：http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/ PLACE 地址：https://sogo.dna.affrc.go.jp/cgi-bin/sogo.cgi?lang=en&pj=640&action=page&pag...

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  • landy
  • 发布于 2018-05-17 17:29
  • 阅读 ( 9338 )

如何获取金币

如何获取金币。

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-05-09 14:02
  • 阅读 ( 15783 )

利用NCBI和Pfam数据库查找基因家族保守结构域相关信息

相近功能基因的检索方法，如何利用pfam数据库下载隐马尔科夫hmm文件。

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  • landy
  • 发布于 2018-04-23 14:05
  • 阅读 ( 48560 )

ensembl和NCBI基因组下载，基因序列下载查看

参考基因组下载，Ensembl，NCBI，JGI等网站下载使用，可视化浏览,基因查看与下载等；

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-04-22 14:59
  • 阅读 ( 39099 )

NCBI批量下载数据,省时又省力

对于从NCBI大批量的进行数据下载，手动操作无疑是一项沉重的工作，因此可以批量下载数据的方法十分必要。本文介绍如何实现这一方法及后续的一些数据处理方法。

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  • 安生水
  • 发布于 2018-04-22 10:47
  • 阅读 ( 12420 )

做微生物研究必懂的OTU table相关知识

微生物多样性分析中最基础、最重要的文件为OTU table，因此理解OTU table的含义和来路，对微生物多样性分析至关重要。本文介绍OTU table是怎么样一步一步得来的，及其注意事项。

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-04-20 19:53
  • 阅读 ( 34141 )