SCI投稿过程邮件模板
下载TCGA基因表达量文件,应该选Count,FPKM还是FPKM-UQ ?
Igraph软件安装错误
WGCNA剔除异常样本
今天有学员问 MCScanX 安装问题,我试了下,果然有错误。 make报错: g++ struct.cc mcscan.cc read_data.cc out_utils.cc dagchainer.cc msa.cc permutation.cc -o MCScanX msa.cc: In fun...
PCA pcoa分析取舍
分享endnote文献管理工具
pfam打开不了解决办法,Pfam这个主页里,这些搜索项目点击没有反应,是咋回事呢
在工作和学习过程中,总是会遇到不少问题需要在论坛或者群里进行提问,但是提问者和回答者之间经常会发生不愉快的事情。发生这种情况的主要原因在于提问者不知道如何准确、全面的提出问题,使得...
随着大数据时代的到来,很多生物科研工作者都接触了基因组相关实验。在做数据分析的时候,会用到一个很重要的文件,就是基因组的注释文件,也就是今天分享内容的主角GFF文件! 什么是GFF文件...
使用FigTree制作漂亮的系统发育树。这款软件需要在JAVA环境下运行,所以使用前记得要安装JAVA。 第一步:选择合适的树形 使用File – open 打开树文件(一般为.nwk文件),在左上方绿色...
PubMed 按影响因子过滤文献
简单高效的查找外源基因插入位置的方法,并可以设计共显性标记,方便后续实验验证。
16s测序数据除了进行常规的Alpha多样性分析,Beta多样性分析,以及PCA分析之外,还能做什么?
linux系统中docker镜像下载失败解决办法
在r包topgo里面绘制node图的函数是showSigOfNodes(),其中提供的第二个参数不能有0,否则会报错: showSigOfNodes()拆分之后是: sampleGOdata和score(resultKS.elim)是提供给函数的 ...
cytoscape安装报错:No JVM could be found on your system,通常是由于不适配的java版本
在日常的生信分析中,通过一些组学分析策略我们能够得到与某一物种性状紧密关联的候选基因。在此情况下,如果我们想要对候选基因在其他物种中的同源基因进行查找,或者在染色体上对这些基因进行定位,那么就需要进行物种间基因座的局部共线性可视化(Microsynteny visualization)。今天我们就来教大家使用jcvi软件包中的子程序MCscan(Python version)进行物种间基因组的局部共线性绘图。
泛基因组可视化
在前一篇文章里写了使用OthroFinder软件构建物种同源基因分析的工作原理的介绍,这次就利用Orthofinder结果中的数据来绘制物种系统发育树(Phylogenetic tree)。 在Orthofinder结果文件中有一...