Daitoue
WGCNA筛选Biomarker
Biomarker有助于疾病诊断、判断疾病分期或者用来评价新药或新疗法在目标人群中的安全性及有效性。基于WGCNA，对疾病相关的基因表达数据构建网络，鉴定关键模块和hub基因，是筛选Biomarker的有效...
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- Daitoue
- 发布于 2018-12-07 16:24
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安生水
affymetrix芯片未标准化数据分布
获取芯片原始数据得到为标准化的数据，需要查看原数据的分布情况，可以通过多种方法获得分布图片。 以affy包ReadyAffy()读取CEL结果：AffyBatch对象为例（GSE66196） 1、箱线图：基于boxplo...
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- Daitoue
- 发布于 2018-12-07 14:46
- 阅读 ( 3425 )
omicsgene
microRNA
芯片原始数据标准化的几个包的安装
芯片原始数据下载后进行质控标准化除了基于相关的软件外，也可以利用bioconductor的几个包，不过需要注意介于R版本的问题，包的安装基于install.packages可能安装不成功。
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- Daitoue
- 发布于 2018-12-07 10:38
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从基因组注释信息GFF文件中提取所有基因位置信息-AWK
从基因组注释信息GFF文件中提取所有基因位置信息-AWK
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- omicsgene
- 发布于 2018-12-03 16:47
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bio-linux安装包下载链接
biolinux安装包下载链接：https://pan.baidu.com/s/1ui9ndOsjbtgHrJoxxOcTMQ
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- 红橙子
- 发布于 2018-11-28 19:34
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红橙子
proteusTMT 分析蛋白质组数据时，meta文件的格式是怎么样的？
proteusTMT 分析蛋白质组数据时，meta文件的格式设置非常重要
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- microRNA
- 发布于 2018-11-23 16:14
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R语言sort()与order()
基于sort()或者order对向量元素排序：返回排序后的向量，后者返回原排序后的索引 例如基于向量A操作（A也可以是数值型)： > A=c("A","B","D","C","H","J","E") 1、sort sort(x, decrea...
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- Daitoue
- 发布于 2018-11-23 15:43
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GEO数据与WGCNA--挖掘胶质瘤共表达网络的关键模块与通路
加权基因共表达网络（WGCNA）可以利用基因表达数据，构建出加权的基因共表达网络，从而挖掘协同表达的基因模块，探索基因模块与性状之间的关系。 这种分析方法在生物研究领域中被广泛使用，以...
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- Daitoue
- 发布于 2018-11-23 12:45
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