在处理fastq文件时,可能会遇到序列与质量值长度不一致或格式不正确等问题,这时候软件会报告哪条序列有问题,并给出序列ID,然后我们就要去查看这条序列是什么问题。但是,fastq文件通常是很大的,使用less命令可能很难搜索到
Bio-Linux中有很多安装的生物信息学软件,这里给大家列举一下:
ls命令是linux下最常用的命令。ls命令就是list的缩写,缺省下ls用来打印出当前目录的清单,如果ls指定其他目录,那么就会显示指定目录里的文件及文件夹清单。通过ls 命令不仅可以查看linux文件夹...
命令行特殊字符处理方法
awk擅长于对文件按行操作,每次读取一行,然后进行相应的操作。 awk读取单个文件时的基本语法格式是 awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{print $0, $1;}' filename 读取多个文件时的语法是 awk...
命令行筛选差异基因
之前在linux系统执行以下命令: ls file |xargs sed -i 's/\n//g' 然而却发现没有任何效果,百度之后发现 sed是按行处理文本数据的,每次处理一行数据后,都会在行尾自动添加trailing newline...
linux
linux
linux常用命令整理之文件解压缩:tar命令:解压:tar xvf FileName.tar压缩:tar cvf FileName.tar DirName gz命令解压:gunzip FileName.gz压缩:gzip FileName zip命令解压:unzip File...
在linux上利用awk对数据进行筛选,并输出
利用vi实现文档的搜索替换
例如你有两个基因id文件,你想知道这两个文件共有的id,怎末办呢?一行命令就可以解决。cat 文件1 文件1 |sort|uniq 输出的就是这两个文件的并集cat 文件1 文件1 |sort|uniq ...
biolinux
biolinux虚拟机导入之后打开报错
biolinux打不开
想做生物信息分析,但不知道怎么入门?先来搭个环境吧!想分析数据,但是分析不了?先来搭个环境啊!搭建好环境,后面的自然就简单多了。 我们平时大都会使用Windows,而很少使用Linux,然而做...
Linux系统生物信息分析必备利器。
继Linux生信入门,我们又出新课程啦!本期课程我们讲的是Linux命令的使用及怎么用来处理生物数据。