宏基因组 - 文章 - 组学大讲堂问答社区

biom格式的文件如何转化

biom格式的文件如果想要删除某个物种啥的,转换以后直接修改是不行的先转化成tsv biom convert -i bak/feature_table_tax.biom -o feature_table_tax.tsv --to-tsv --header-key taxonomys l...

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xun
发布于 2024-07-23 15:29
阅读 ( 532 )

An introduction to PERMANOVA and ANOSIM

PERMANOVA（Permutational Multivariate Analysis of Variance）和 ANOSIM（Analysis of Similarities）都是用于分析和比较群组间多元数据差异的统计方法。它们特别适用于生态和环境科学领域，...

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xun
发布于 2024-06-05 14:33
阅读 ( 1129 )

微生物与环境因子，代谢物，功能等相关性分析linkET

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omicsgene
发布于 2023-12-19 08:20
阅读 ( 1305 )

微生物多样性扩增子（16S/18S/ITS）课程更新v2.0

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omicsgene
发布于 2023-12-05 13:25
阅读 ( 1262 )

泌尿感染（UTIs）宏基因组分析

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omicsgene
发布于 2023-11-26 21:25
阅读 ( 748 )

qiime2 q2-picrust2 报错问题

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omicsgene
发布于 2023-10-30 13:21
阅读 ( 820 )

PICRUSt2扩增子功能预测与差异比较分析

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omicsgene
发布于 2023-10-24 11:42
阅读 ( 2507 )

picrust1 16S 微生物功能预测

picrust 16S 微生物功能预测

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omicsgene
发布于 2023-10-18 15:16
阅读 ( 759 )

lefse 运行报错python3中

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omicsgene
发布于 2023-10-18 14:38
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宏病毒组分析一区

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omicsgene
发布于 2023-09-07 09:28
阅读 ( 840 )

kraken2生成的biom文件处理

使用kraken2软件做宏基因组或扩增子项目物种注释项目的时候，如果后续不使用bracken则可能会遇到一个问题，结果生成的biom文件中taxonomy并不是最终结果，比如下面这样可以用脚本来处理，删...

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xun
发布于 2023-05-31 17:33
阅读 ( 1245 )

组学大讲堂QIIME2(v1.5)镜像更新说明

对于qiiem2更新细节的一些描述

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xun
发布于 2023-01-06 13:26
阅读 ( 2622 )

qiime2分类器的训练

训练分类器 Training classifier 因为不同实验的扩增区域不同，鉴定物种分类的精度不同，提前的训练可以让分类结果更准确。在本教程中，使用到的是已经训练好细菌V4区的分类器，可在QIIME2官网...

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xun
发布于 2022-11-14 15:26
阅读 ( 2252 )

qiime2 安装-使用国内镜像避免网络原因报错：

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omicsgene
发布于 2022-10-29 10:07
阅读 ( 2431 )

微生物多样性分类柱状图按照分组进行排序脚本升级；tax_bar_plot.r

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omicsgene
发布于 2022-07-27 11:11
阅读 ( 1704 )

IF=5|干眼症微生物多样性分析案例解析

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omicsgene
发布于 2022-02-14 13:07
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qiime2 18S 分类器构建

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omicsgene
发布于 2021-08-06 10:32
阅读 ( 3162 )

环境因子分析

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omicsgene
发布于 2021-02-26 15:28
阅读 ( 10302 )

扩增子16S/ITS/18S微生物多样性课程更新-机器学习随机森林分析

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omicsgene
发布于 2021-02-24 11:57
阅读 ( 2890 )

qiime2 couldn't connect to display "localhost:12.0"

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omicsgene
发布于 2021-01-04 15:29
阅读 ( 4310 )